子栏目: 信使RNA rna提取 核糖体RNA RNA干扰 rna测序
  • RNA-seq数据分析文献33-外泌体RNAseq-6.162

    RNA-seq数据分析文献33-外泌体RNAseq-6.162

    导读 思路:样品收集和RNA测序--差异exRNA及功能富集分析--exRNA的变异及功能富集分析--ddPCR验证exRNA表达。图表:exRNA表达热图,PCA图等;表格包括参试者临床资料,差异exRNA列表,变异位点列表等。 摘要 本篇研究表征了多发性骨髓瘤(MM)患者血浆中细胞外RNA(exRNA)的转录组特征。通过分析10例健康对照(HC)、5例新诊断(NDMM)和12例复发(RRMM)MM患者的exRNA,发现约有45%的ex
  • RNA-seq数据分析文献32-全血免疫RNAseq-5.182

    RNA-seq数据分析文献32-全血免疫RNAseq-5.182

    导读 思路:样品收集和RNA测序--差异基因及表达模式分析--GO功能富集分析--细胞特异性判别分析。图表:PCA,差异火山图,相关图,基因表达热图,富集分析柱形图等;表格包括参试者临床资料,差异基因列表等。 摘要 创伤后应激障碍(PTSD)是一种由严重创伤引起的慢性疾病,与免疫功能异常有关。迄今为止与转录组相关研究中,均基于全血或未分选的外周血单核细胞(PBMC)。
  • RNA-seq数据分析文献29 - 狗前列腺RNAseq-4.011

    RNA-seq数据分析文献29 - 狗前列腺RNAseq-4.011

    导读 思路:实验前处理--RNA-seq与差异基因分析--通路富集分析;图表:RNA-seq质控图、Venn图、PCA图、差异基因热图;实验对象信息表; 摘要 本文是一篇犬前列腺癌样品的RNA-seq数据分析文章,作者希望从RNA-seq数据中研究超声引导下细针穿刺活检的检测能力。 前言 背景部分介绍了犬前列腺癌的传统检测方法和本研究的目的。 结果 1 实验对象 本部分介绍了本实验的实验对象和检测结
  • RNA-seq数据分析文献31-结肠癌-可变剪切分析-5.515

    RNA-seq数据分析文献31-结肠癌-可变剪切分析-5.515

    导读 思路:样品收集和RNA测序,以及公共数据收集--可变剪接模式分析--可变剪接相关基因的功能富集、网络互作分析--可变剪接模式的生存分析--剪接因子的差异表达及其和可变剪接的关联分析。图表:统计图如柱形图、散点图、UpSet图等,差异火山图,功能富集气泡图,互作网络图,生存曲线、森林图等;表格包括患者临床资料,重要的可变剪接特征等。 摘要 左侧和右侧结肠癌
  • RNA-seq数据分析文献30-RNAseq-猕猴miRNA分析

    RNA-seq数据分析文献30-RNAseq-猕猴miRNA分析

    导读 思路:样品收集和RNA测序,以及公共数据收集--miRNA注释及表达模式分析--物种特异性miRNA识别--miRNA的突变和编辑位点的鉴定和特征描述--位点变动对功能的影响预测。图表:统计类如柱形图、饼图、散点图、韦恩图等,miRNA表达热图、PCA图等;miRNA注释表,位点注释表等。 摘要 MicroRNA(miRNA)是小的非编码RNA,在转录后调控中至关重要。猕猴是一种重要的灵长类动物,常用于科
  • RNA-seq数据分析文献28 - 斑马鱼-4.011

    RNA-seq数据分析文献28 - 斑马鱼-4.011

    导读 思路:实验前处理--RNA-seq--lncRNA鉴定与差异lncRNA分析--差异基因分析--功能富集;图表:实验处理结果图、RNA-seq质控图、Venn图、基因富集图、差异基因热图;验证实验表、差异lncRNA表; 摘要 本文是一篇lncRNA样品的RNA-seq数据分析文章,作者希望从RNA-seq数据中研究参与SVCV感染的lncRNA及下游基因。 前言 背景部分介绍了本研究的实验对象斑马鱼突变株rag1。 方法 实验材料和测序
  • RNA-seq数据分析文献27 -牛RNAseq- 4.011

    RNA-seq数据分析文献27 -牛RNAseq- 4.011

    导读 思路:实验前处理和验证--RNA-seq与差异基因分析--功能富集--蛋白互作分析;图表:实验流程图、差异基因火山图、Venn图、基因富集图、热图、互作分析图;实验验证表、差异基因表、基因功能富集表; 摘要 本文是一篇牛外周血样品的RNA-seq数据分析文章,作者希望从RNA-seq数据中研究外周血中鸟分枝杆菌感染基因表达量的差异,以寻找新的生物标志物。 前言 背景部分介绍了
  • RNA-seq数据分析文献26-表达谱芯片-3.147

    RNA-seq数据分析文献26-表达谱芯片-3.147

    导读 思路:芹菜素处理--RNA芯片与差异基因分析--GO和KEGG功能富集分析;图表:实验前处理图、差异基因火山图、KEGG通路分析图;差异基因表、GO基因功能富集表; 摘要 本文是一篇乳腺癌细胞系样品的RNA-seq数据分析文章,作者希望从RNA-seq数据中研究芹菜素对乳腺癌细胞基因表达量的差异。 前言 背景部分作者从乳腺癌、免疫系统功能和癌症的关系、芹菜素的生物学功能三方面对
  • RNA-seq数据分析文献25-RNAseq+蛋白组学-4.183

    RNA-seq数据分析文献25-RNAseq+蛋白组学-4.183

    导读 思路:细胞系溶菌酶处理--RNA-seq与差异基因分析--功能富集--蛋白组学分析;图表:实验流程图、差异基因功能图、火山图、热图、基因富集图、互作分析图;差异基因表、基因功能富集表、蛋白质组学定量结果表; 摘要 本文是一篇单核细胞系样品的RNA-seq数据分析文章,作者希望从RNA-seq数据中研究溶菌酶对单核细胞基因表达量的差异。 摘要部分介绍了溶菌酶的功能和实验流
  • mRNA肿瘤疫苗这么火,高品质体外转录产品您用了吗?

    mRNA肿瘤疫苗这么火,高品质体外转录产品您用了吗?

    近年来mRNA疗法炙手可热。行业巨头Moderna7年获得超过26亿美元融资,并于2018年12月6日成功上市;BioNTech也在今年10月11日于纳斯达克上市,募集资金1.5亿美元。在国内,斯微生物拥有自主知识产权的mRNA制剂技术,并于2019年7月获得近亿元A轮融资。 许多医药巨头也对mRNA研发企业抛来橄榄枝。2017年10月,礼来与CureVac公司签署了价值18亿美元的交易,用于共同开发了5种新型mRNA癌症疫苗
  • RNA-seq数据分析文献24-水稻RNAseq性状关联

    RNA-seq数据分析文献24-水稻RNAseq性状关联

    导读 思路:植物试验和表型测定--RNA测序及差异表达基因分析--转录因子家族的基因富集分析、聚类以及和植物性状的关联分析。图表:植物照片;统计类如柱形图、折线图、散点图,相关图,基因表达热图等;植物表型性状统计表,差异基因统计表,富集分析基因表等。 摘要 水稻的产量受花序大小和结构的影响,驯化水稻品种的花序产生更多的分枝和谷粒,但尚未完全了解野生
  • RNA-seq数据分析文献23-基因敲除RNAseq-qPCR

    RNA-seq数据分析文献23-基因敲除RNAseq-qPCR

    导读 思路:基因敲除--RNA-seq与差异基因分析--差异基因功能富集;图表:差异基因火山图、热图、功能富集气泡图;qRCR引物表、RNA质控数据表、差异基因表、GO和KEGG通路富集表; 摘要 本文是一篇基因敲除小鼠的RNA-seq数据分析文章,作者希望从RNA-seq数据中研究ABCG1基因的功能及其下游基因和通路。摘要部分作者从目的、方法、结果、结论四个方面对该研究做了简述。 前言 背景部
  • RNA-seq数据分析文献22-差异基因与临床数据相关性分析

    RNA-seq数据分析文献22-差异基因与临床数据相关性分析

    导读 思路:实验处理--RNA-seq和差异基因分析--qPCR和免疫染色验证;图表:实验处理图、热图、实验验证图;差异基因表、差异基因相关性分析表,附加材料为RNA-seq定量结果表、GO富集结果表。 摘要 本文是一篇人牙周样品的RNA-seq数据分析文章,作者希望从RNA-seq数据中研究吸烟对牙周膜基因表达量的差异。摘要部分作者以背景、方法、结果、结论四个方面对该研究做了简述。 前言
  • RNA-seq数据分析文献21-公共数据WGCNA分析-5.515

    RNA-seq数据分析文献21-公共数据WGCNA分析-5.515

    Comprehensivetranscriptomicanalysisindicatesbrainregionalspecificalterationsintype2diabetes 全面的转录组分析表明2型糖尿病的大脑区域特异性改变 期刊:Aging(AlbanyNY)影响因子:5.515发表单位:北京大学健康科学中心基础医学院 导读 思路:GTEx数据收集--差异表达基因分析,GO、KEGG功能富集分析--基因共表达分析,网络特征、T2D相关模块及中枢基因的识别。图表:统计类如柱形图、提琴图、散点图,
  • RNA-seq数据分析文献20-RNAseq纯分析-4.094

    RNA-seq数据分析文献20-RNAseq纯分析-4.094

    导读 思路:小鼠试验及RNA-seq测序--差异表达基因分析,GO、KEGG功能富集分析--qPCR验证--蛋白网络分析、加权基因共表达网络分析--可变剪接分析--miRNA动态模式分析。图表:统计类如韦恩图、柱形图、饼图、折线图、相关图,聚类树,互作网络图;基因列表,包含差异基因表达列表、网络关键基因列表、可变剪接基因列表等。 摘要 哺乳动物的性腺发育对于生育至关重要。性别分化
  • RNA-seq数据分析文献19-RNAseq纯分析-5.515

    RNA-seq数据分析文献19-RNAseq纯分析-5.515

    导读 思路:小鼠试验及RNA-seq测序--差异表达基因分析,GO、KEGG功能富集分析--蛋白互作网络分析--qPCR验证。 图表:基因表达热图、火山图,功能富集柱形图,蛋白网络图;差异基因统计表,功能富集统计表,互作蛋白统计表等。 摘要 本篇研究的目的是调查暴露于多种七氟醚的新生小鼠海马体全转录组反应。 七氟醚暴露可引起新生小鼠的认知和社交行为异常。 RNA-seq共鉴定出314个
  • RNA-seq数据分析文献18-RNAseq纯分析-3.634​

    RNA-seq数据分析文献18-RNAseq纯分析-3.634​

    导读 思路:实验处理(压力+睡眠剥夺PSD)--RNA-seq和差异基因分析--GO富集分析和互作网络分析;图表:实验处理流程图、热图、Venn图、GO富集图、互作网络图;附加材料为RNA-seq定量结果表,GO富集结果表。 摘要 本部分主要为背景和结果的概述。 前言 背景部分主要介绍了垂体调节睡眠的相关背景。 方法 RNA提取和纯化 整个垂体样品(n=3-4/组)在室温下用装有22号规的1-mL无菌注射器
  • RNA-seq数据分析文献17 - siRNA - RNA-seq

    RNA-seq数据分析文献17 - siRNA - RNA-seq

    导读 思路:实验处理(干扰RNA)和实验验证--RNA-seq和差异基因分析--功能富集分析--验证下游基因; 图表:实验处理图、火山图、PCA图、通路富集图、Venn图、qPCR结果图、实验验证图;附加材料为差异基因表和实验验证图。 摘要 摘要部分作者根据之前的研究发现JAK1基因的重要作用,介绍本研究的主要内容。 前言 背景部分作者介绍了未折叠的蛋白质反应(UPR)的研究背景和JAK家族
  • RNA-seq数据分析文献16-RNAseq+特征基因表达分析

    RNA-seq数据分析文献16-RNAseq+特征基因表达分析

    导读 思路:植物试验及RNA-seq测序--差异表达基因分析,GO功能富集分析--特定功能途径的基因集差异分析。图表:基因表达热图、柱形图、韦恩图;差异基因统计表,富集通路统计表等。 摘要 背景: 人参是广泛栽培的药材,热应激对人参的生长和可持续生产构成了威胁,目前对热应激分子反应的知识仍然有限。 方法: 本篇研分别对热处理1周和3周后的两种人参品种Chunpoong(CP)
  • RNA-seq数据分析文献15-circRNAseq + qPCR

    RNA-seq数据分析文献15-circRNAseq + qPCR

    导读 思路:样本收集及RNA测序--差异表达circRNA鉴定--circRNA-miRNA互作关联分析--qRT-PCR验证--临床数据分析。图表:circRNA差异火山图、散点图,基因组圈图,circRNA表达热图、散点图,互作网络图;差异circRNA列表,临床相关性统计表等。 摘要 背景: 环状RNA(circRNA)是一类内源非编码RNA,在基因调控中具有重要作用。患有3级子宫内膜癌(EC)的患者预后普遍较差,且尚不清楚circRNA在
  • RNA-seq数据分析文献14 - GEO数据 - RNA-seq分析

    RNA-seq数据分析文献14 - GEO数据 - RNA-seq分析

    导读 思路:基因敲除实验处理--RNA-seq和差异基因分析--基因富集分析--互作网络和转录因子分析;图表:基因富集柱状图和通路气泡图、互作网络图、转录因子motif图;差异基因表,附加材料为差异基因的热图、火山图、互作网络图、RNA-seq定量结果表。 摘要 本部分作者从目的、材料与方法、结果、结论四个方面简述了实验的过程。 前言 本部分作者阐述了晶状体的研究背景和本实
  • 中药研究RNA-seq分析文献

    中药研究RNA-seq分析文献

    ArctigeninattenuatesdiabetickidneydiseasethroughtheactivationofPP2Ainpodocytes 牛蒡子苷元通过激活足细胞中的PP2A减轻糖尿病性肾脏疾病 导读 有些老师常问,中药研究如何与RNAseq结合起来。我们来看看这篇文章是如何来研究的。这篇文章以牛蒡子苷元为例,通过RNA-seq测序找出差异基因进行通路富集分析一步步揭示了其在糖尿病肾病的治疗机制。 摘要 牛蒡子苷元(ATG)是牛蒡子的主要成分,这是一
  • 中药研究RNA-seq分析文献2

    中药研究RNA-seq分析文献2

    EriB,anaturalditerpenoid,inhibitedVEGF-inducedangiogenesisanddiminishedangiogenesis-dependentbreasttumorgrowthbysuppressingVEGFR-2signaling EriB是一种天然二萜类化合物,通过抑制VEGFR-2信号转导抑制VEGF诱导的血管生成和减少血管生成依赖的乳腺肿瘤生长 导读 前文我们以牛蒡子苷元为例,通过RNA-seq测序找出差异基因进行通路富集分析一步步揭示了其在糖尿病肾病
  • 华中科技大学童强松教授和郑丽端教授联袂连发两篇10分circRNA研究论文

    华中科技大学童强松教授和郑丽端教授联袂连发两篇10分circRNA研究论文

    近日,华中科技大学 童强松 教授和 郑丽端 教授联袂发表了两篇大于 10分 的circRNA研究论文,分别在 MolecularCancer (一区,IF=10.679)和 EMBOMolecularMedicine (一区,IF=10.624)杂志,下面就让我们一起了解一下这两篇文章的精彩内容: MolecularCancer:Circ-HuR通过抑制CNBP转录激活作用抑制HuR蛋白表达 近日, 童强松 教授和 郑丽端 教授团队也在 MolecularCancer 杂志上发表了题目为Circ-HuRs
  • RNA-seq数据分析文献9 -鼻咽癌-RNAseq + TCGA/GEO分析

    RNA-seq数据分析文献9 -鼻咽癌-RNAseq + TCGA/GEO分析

    导读 思路:患者样本取样测序+公共数据收集--差异基因表达分析及功能富集分析--共表达网络及表达相关性分析--生存分析及生物标志物的鉴定。图表:基因表达热图,通路富集饼图,网络图,相关性散点图,生存曲线图。 摘要 放射疗法是鼻咽癌(NPC)的主要治疗方法,但是放射抵抗会限制NPC患者的治疗效果和预后,本篇研究意在确定涉及放射治疗反应的基因。从三对接受放疗前
  • RNA-seq数据分析文献8

    RNA-seq数据分析文献8

    导读 思路:公共数据收集--蛋白质-RNA互作模型分析及验证--motif分析。图表:常规柱形图、散点图、箱线图、热图、韦恩图等统计图;motif图等。 摘要 通过剪接、转运、翻译和降解,基因表达的转录后水平受到严格调控。RNA结合蛋白(RBP)在转录后基因调控中起关键作用,RBP-RNA相互作用的遗传变异影响基因产物和功能。本篇研究开发了一种计算方法,ASPRIN(等位基因特异性蛋白质
  • RNA-seq数据分析文献7 - TCGA数据分析

    RNA-seq数据分析文献7 - TCGA数据分析

    导读 思路:公共数据收集--RNA-seq共表达分析--互作模型构建及验证--motif分析。图表:常规柱形图、散点图、箱线图、饼图等统计图;互作网络图、流程图解;基因富集分析列表等。 摘要 长非编码RNA(lncRNA)在基因表达调控中起着重要作用,lncRNA-基因相互作用与癌症发生和演变密切相关。该项研究开发了一种通过双聚类分析阐明lncRNA与基因相互作用的方法,可以跨多个数据集识别
  • RNA-seq数据分析文献13 - 无参RNAseq

    RNA-seq数据分析文献13 - 无参RNAseq

    导读 思路:动物实验及RNA-seq测序--转录本从头注释--差异表达基因分析,GO、KEGG功能富集分析--qRT-PCR验证。图表:基因差异表达火山图,功能富集分析柱形图;功能注释统计表,富集通路统计表等。 摘要 盐分是影响鱼类生命周期的重要环境因素,包括生长、发育和繁殖。黄盖鲽是重要的鱼类资源,是研究渗透压的良好模型,因为它可以适应多种盐度水平。该物种基因组资源的缺
  • RNA-seq数据分析文献12 - RNAseq分析

    RNA-seq数据分析文献12 - RNAseq分析

    导读 思路:动物实验及RNA-seq测序--差异表达基因分析--GO、KEGG功能富集分析--蛋白互作网络分析。图表:基因差异表达热图及韦恩图,功能富集分析柱形图及气泡图,蛋白互作网络图等。 摘要 RNA-seq是一种在转录水平上探索细胞和组织中分子事件的有效方法,目前缺少对肝癌发生和演变的全面转录组分析。本篇研究通过RNA-seq分析了二甲基亚硝胺和四氯化碳(DEN+CCl4)诱导的肝细胞
  • RNA-seq数据分析文献11 - circRNAseq - qPCR

    RNA-seq数据分析文献11 - circRNAseq - qPCR

    导读 思路:样品收集及RNA-seq测序--差异表达circRNA及功能富集分析--qPCR验证差异circRNA--circRNA-miRNA互作网络分析。图表:circRNA表达热图,差异火山图,富集分析柱形图及气泡图,互作网络图;差异circRNA列表。 摘要 肿瘤来源的胞外囊泡及其内容物参与恶性肿瘤的发展,circRNA在胞外囊泡中含量丰富,可以通过充当microRNA海绵或其它机制调节多种细胞过程。本篇研究探讨了胞外囊泡中
  • RNA-seq数据分析文献10 - 小脑组织RNAseq

    RNA-seq数据分析文献10 - 小脑组织RNAseq

    导读 思路:样品收集及RNA-seq测序--样本间异质性分析--差异基因表达分析及功能富集分析--蛋白互作网络分析。图表:PCA图,基因表达热图,相关性热图,网络图;差异基因列表,功能富集途径列表。 摘要 原发性震颤(ET)是最常见的神经系统疾病之一,其主要特征是8-12Hz动态震颤。由于对ET患者的基因组研究尚未确定主要的遗传因素,为了探索ET发病机理的潜在分子来源,该项研
  • RNA-seq数据分析文献3 - 猪 -RNAseq

    RNA-seq数据分析文献3 - 猪 -RNAseq

    导读 思路:实验处理--RNA-seq和差异基因分析--差异基因富集分析;图表:实验处理图、差异分析Venn图、差异基因功能富集图;实验处理表、差异基因功能富集表,附加材料为样本相关性图,qPCR引物表、RNA-seq数据统计表、GO和KEGG富集结果表。 摘要 本文是一篇动物样品的RNA-seq数据分析文章,作者希望从RNA-seq数据中研究两个猪品种对Mhp感染表现的差异。 前言 背景部分作者详细介绍
  • RNA-seq数据分析文献6 - TCGA数据分析

    RNA-seq数据分析文献6 - TCGA数据分析

    导读 思路:公共数据收集--RNA-seq和差异基因分析--互作网络分析及模型构建。 图表:常规柱形图、散点图、箱线图、森林图等统计图;相关图、互作网络图、基因表达热图、生存曲线图等。 摘要 背景: 尿道膀胱癌(BLCA)是世界范围内最常见的预后不良的恶性肿瘤之一。 这项研究旨在探索有效的预后生物标志物,并建立BLCA患者的预后风险评分模型。 方法: 基于从癌症基因组图
  • RNA-seq数据分析文献4 - RNAseq - qPCR

    RNA-seq数据分析文献4 - RNAseq - qPCR

    导读 思路:实验处理--RNA-seq和差异基因分析--qPCR验证;图表:包括柱形统计图、热图、差异基因表及散点图、代谢通路富集统计图等。 摘要 猪流行性腹泻(PED)是由猪流行性腹泻病毒(PEDV)引起的一种急性感染性疾病,会对肠道造成损害,包括肠绒毛萎缩和脱落,而给全世界的养猪业造成严重的经济损失。为了获得有关PEDV感染宿主的发病机理和宿主免疫应答的详细信息,本篇
  • RNA-seq数据分析文献5 - RNAseq - qPCR/WB

    RNA-seq数据分析文献5 - RNAseq - qPCR/WB

    导读 思路:实验处理--RNA-seq和差异基因分析--qPCR和免疫染色验证。图表:PCA图、差异表达统计图、富集分析柱状图、实验验证图;差异基因及代谢通路表等。 摘要 背景: 宫内生长受限(IUGR)是一种妊娠疾病,IUGR的后代在成年后患II型糖尿病的风险增加。动物模型显示肝很容易受到IUGR营养限制的影响。该项研究旨在检查IUGR母体营养限制(MNR)的小鼠模型中肝转录组变化,以了解
  • RNA-seq数据分析文献1 - 中医 -RNAseq - 简单验证

    RNA-seq数据分析文献1 - 中医 -RNAseq - 简单验证

    RNAseq纯数据分析发文章,能否做了个RNAseq,或者蛋白组学,代谢组学,通过数据分析,或者简单的实验验证,即可发表一篇小文章呢。当然是可以的。 这类文章,大约分为三种: 1.只做RNAseq,比如mRNA、miRNA、lncRNA、circRNA、甚至全转录组测序,通过纯数据分析,发表文章; 2.做了RNAseq,同时结合公共资源数据的分析,比如来源于GEO/TCGA等的分析; 3.做了RNAseq,做了数据分析,同时做
  • RNA-seq数据分析文献2 - 基因敲除 -RNAseq

    RNA-seq数据分析文献2 - 基因敲除 -RNAseq

    除去准备实验模型不算,本篇是一个RNAseq实验,写了一篇文章。思路:实验处理--RNA-seq和差异基因分析--差异基因富集分析;图表:研究背景和实验处理图、火山图、热图、GO富集结果、GO散点图;差异基因表,附加材料为实验处理图,RNA-seq定量结果表。 摘要 本篇文章中,作者主要通过将GRL敲除后斑马鱼的RNA-seq数据研究目的基因的通路和下游基因。 前言 本部分作者阐述了研究基
  • RNAseq纯测序分析文章整理说明

    RNAseq纯测序分析文章整理说明

    近几年,RNAseq测序价格极大降低,许多老师大量的做RNAseq。RNAseq是对样品中的totalRNA提取并进行高通量测序,通过分析获得各类分子的表达量。通过对照组与处理组等比较得到差异表达的基因,并对差异基因进行如GO/KEGG富集,了解处理因素影响的生物学过程、通路等。 RNAseq是RNA分子测序的总称,常见的有mRNA测序,miRNA测序,lncRNA测序,circRNA测序,也可以全部测序,称为全转录组
  • circRNA的蛋白编码能力文献:环状LINC-PINT编码的肽抑制胶质母细胞瘤的致癌转录延伸

    circRNA的蛋白编码能力文献:环状LINC-PINT编码的肽抑制胶质母细胞瘤的致癌转录延

    导读 circRNA的翻译能力的预测与研究已成为当前circRNA功能分析的热点。 之前看过一篇circRNA编码能力机制文章circRNA的蛋白编码能力文献(10.211)。 与之前circRNA蛋白表达分析文章不同的是本文的circRNA中连接位点处于ORF外,这使得验证circRNA编码的方法变得困难。 然而,作者筛选了源基因编码lncRNA而非mRNA的circRNA作为研究对象,用巧妙的实验方法验证了circRNA编码的蛋白。 摘要 环状
  • 细胞焦亡:有没有circRNA参与细胞焦亡的调控过程?

    细胞焦亡:有没有circRNA参与细胞焦亡的调控过程?

    细胞凋亡(Apoptosis) 是最经典的细胞死亡方式,但随着研究的不断深入,很多细胞死亡现象并不能用细胞凋亡来解释,于是又报道发展了一些新的细胞死亡机制,包括程序性坏死等等。细胞焦亡(Pyroptosis)便是非经典细胞凋亡通路的一种,是炎症细胞的一种程序性坏死机制。那么细胞焦亡的机制是怎样的?如何研究细胞焦亡?如何开展细胞焦亡相关的circRNA研究? 1. 什么是细胞焦
  • 中药研究RNA-seq分析文献3

    中药研究RNA-seq分析文献3

    导读 之前看过研究单一有效成分作用机制的文章,然而,还有许多是需要多种草药共同发挥作用的。 这篇文章就是利用了复方药剂以研究多种草药的互作和累积效应,使用RNAseq,揭示差异基因及生物学过程的变化... 摘要 复方苦参注射液(CKI)在中国已临床使用超过15年,用于治疗各种类型的实体瘤。 但是,由于此类中药(TCM)制剂是植物次生代谢产物的复杂混合物,因此必须以
  • CircCode: 识别 Ribo-seq 中可翻译的环状 RNA

    CircCode: 识别 Ribo-seq 中可翻译的环状 RNA

    circRNA也有翻译潜能的事件被报道后,circRNA的翻译很快就成了大家研究的热点。然而蛋白质翻译这个领域的研究一直比较硬核,更别说circRNA这一类分子背景还不够硬。 然而,金秋十月是收获的季节,circRNA翻译研究又多了一把利刃CircCode还是基于 机器学习 的,由陕西师范大学的 PeisenSun 与 GuanglinLi 共同开发。虽然之前也有circRNA翻译相关工具,比如CircPro或circtools,但都是mRNA的老黄
  • circRNA的蛋白编码能力文献

    circRNA的蛋白编码能力文献

    导读 通常很少从编码蛋白的角度研究circRNA的机制,然而最近报道了多种具有编码能力的circRNA。 本研究重点在成功验证了circRNA的编码蛋白能力,并发现该circRNA编码的蛋白执行了主要功能。 我们一起看看作者是如何发现和验证circRNA的编码蛋白能力的... 摘要 背景: circRNA是在真核基因组中广泛分布的RNA转录本,在组织发育,基因调控和癌变中起重要作用。 然而,尽管最近报道了几
  • 小鼠口腔菌群促使口腔鳞状细胞癌(OSCC)的恶化

    小鼠口腔菌群促使口腔鳞状细胞癌(OSCC)的恶化

    口腔鳞状细胞癌(OSCC)是头颈部最常见的恶性肿瘤。根据16SrRNA基因测序和宏转录组学分析,我们研究了在4-硝基喹啉-1-氧化物(4-NQO)诱导的OSCC模型小鼠中,口腔菌群组成及其功能的变化特征。 与健康小鼠相比,肿瘤组小鼠口腔菌群多样性总体增加。Parabacteroides丰度在健康小鼠中低于肿瘤组,Corynebacterium的结果与之相反。宏转录组学分析结果揭示了菌群中一些相关代谢通路的过
  • TCGA多肿瘤mRNA, lncRNA, miRNA数据挖掘

    TCGA多肿瘤mRNA, lncRNA, miRNA数据挖掘

    对于大多数常见疾病,GEO或TCGA等数据库有许多可用的原始数据,我们在寻找一个重要的mRNA/lncRNA/miRNA/circRNA进行研究,或者自己高通量测序找到一部分基因,需要扩大样品验证该基因差异的可靠性,我们可以借助于已有数据。之前我们推送过乳腺癌的数据分析TCGA乳腺癌mRNA,lncRNA,miRNA数据挖掘,肝癌的数据分析TCGA肝癌mRNA,lncRNA,miRNA数据挖掘,肺腺癌的数据分析TCGA肺腺癌mRNA,lncRNA,miR
  • circRNA研究汇总2019年10月7号-2019年10月13号

    circRNA研究汇总2019年10月7号-2019年10月13号

    本期从pubmed中检索收集最新发布的circRNA文献 20 篇,下面我们一起来看看circRNA研究最近有哪些新进展。 1、 阿尔茨海默症患者大脑皮质中的环状RNA表达谱证明circRNA的强临床和病理学关联性 论文 标题: AnatlasofcorticalcircularRNAexpressioninAlzheimerdiseasebrainsdemonstratesclinicalandpathologicalassociations. 杂志: NatureNeuroscience 影响因子:
    2019-10-14
  • Hyongsok Tom Soh, Trevor A:搭建结构转换适配体的策略

    Hyongsok Tom Soh, Trevor A:搭建结构转换适配体的策略

    适配体与靶标结合时会发生构象变化,这种结构转换可通过各种读数(包括荧光或电化学信号)呈现,具有特异性(存在非特异性靶标,不会发生构象变化,也不会产生信号)和重现性(经化学合成得到、更易于设计和化学修饰)。 作者总结了基于适配体的结构转换功能搭建的生物传感器的基本原理,包括适配体信标、分裂适配体传感器和应变位移传感器这三类,并结合适配体的
  • 阿尔兹海默症与自病症circRNA研究论文

    阿尔兹海默症与自病症circRNA研究论文

    近日,两篇重量级的文章先后报道了脑组织相关的circRNA研究,分别发表于 NatureNeuroscience ( 影响因子 21.126 )和 BiologicalPsychiatry ( 影响因子11.501 )。在早期的circRNA研究中就曾发现大脑含有丰富的组织特异性的circRNA,这两篇文章也再次印证了这一现象。 两篇文章均通过已有数据或在线数据的挖掘和再分析,找出其中的circRNA分子,然后进一步分析获得 , 这也说明在线数据还是有
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  • RNA-seq数据分析文献21-公共数据WGCNA分析-5.515
    Comprehensivetranscriptomicanalysisindicatesbrainregionalspecificalterationsintype2diabetes 全面的转录组分析表明2型糖尿病的大脑区域特异性改变 期刊:Aging(AlbanyNY)影响因子:5.515发表单位:北京大学健康科学中心基础医学院 导读 思路:GTEx数据收集--差异表达基因分析,GO、KEGG功能富集分析--基因共表达分析,网络特征、T2D相关模块及中枢基因的识别。图表:统计类如柱形图、提琴图、散点图,...
  • 阿尔兹海默症与自病症circRNA研究论文
    近日,两篇重量级的文章先后报道了脑组织相关的circRNA研究,分别发表于 NatureNeuroscience ( 影响因子 21.126 )和 BiologicalPsychiatry ( 影响因子11.501 )。在早期的circRNA研究中就曾发现大脑含有丰富的组织特异性的circRNA,这两篇文章也再次印证了这一现象。 两篇文章均通过已有数据或在线数据的挖掘和再分析,找出其中的circRNA分子,然后进一步分析获得 , 这也说明在线数据还是有非常多的宝贵资源的,深度挖掘也能发现重要的信息 。下面...
  • RNA-seq数据分析文献14 - GEO数据 - RNA-seq分析
    导读 思路:基因敲除实验处理--RNA-seq和差异基因分析--基因富集分析--互作网络和转录因子分析;图表:基因富集柱状图和通路气泡图、互作网络图、转录因子motif图;差异基因表,附加材料为差异基因的热图、火山图、互作网络图、RNA-seq定量结果表。 摘要 本部分作者从目的、材料与方法、结果、结论四个方面简述了实验的过程。 前言 本部分作者阐述了晶状体的研究背景和本实验的研究方法。 方法 用于分析的RNA-Seq数据集准备 可从GEO数据库(http://www.ncbi.nlm.nih.gov/g...
  • RNA-seq数据分析文献15-circRNAseq + qPCR
    导读 思路:样本收集及RNA测序--差异表达circRNA鉴定--circRNA-miRNA互作关联分析--qRT-PCR验证--临床数据分析。图表:circRNA差异火山图、散点图,基因组圈图,circRNA表达热图、散点图,互作网络图;差异circRNA列表,临床相关性统计表等。 摘要 背景: 环状RNA(circRNA)是一类内源非编码RNA,在基因调控中具有重要作用。患有3级子宫内膜癌(EC)的患者预后普遍较差,且尚不清楚circRNA在3级EC中的具体作用。这项研究旨在调查circRNA在3级E...
  • mRNA肿瘤疫苗这么火,高品质体外转录产品您用了吗?
    近年来mRNA疗法炙手可热。行业巨头Moderna7年获得超过26亿美元融资,并于2018年12月6日成功上市;BioNTech也在今年10月11日于纳斯达克上市,募集资金1.5亿美元。在国内,斯微生物拥有自主知识产权的mRNA制剂技术,并于2019年7月获得近亿元A轮融资。 许多医药巨头也对mRNA研发企业抛来橄榄枝。2017年10月,礼来与CureVac公司签署了价值18亿美元的交易,用于共同开发了5种新型mRNA癌症疫苗;11月,CRISPRTherapeutics宣布投资CureVac开发Cas9...
  • RNA-seq数据分析文献30-RNAseq-猕猴miRNA分析
    导读 思路:样品收集和RNA测序,以及公共数据收集--miRNA注释及表达模式分析--物种特异性miRNA识别--miRNA的突变和编辑位点的鉴定和特征描述--位点变动对功能的影响预测。图表:统计类如柱形图、饼图、散点图、韦恩图等,miRNA表达热图、PCA图等;miRNA注释表,位点注释表等。 摘要 MicroRNA(miRNA)是小的非编码RNA,在转录后调控中至关重要。猕猴是一种重要的灵长类动物,常用于科学研究,然而,猕猴中miRNA的注释尚少,且尚无miRNA编辑事件的报道。本篇研究从8个组织中生...
  • RNA-seq数据分析文献11 - circRNAseq - qPCR
    导读 思路:样品收集及RNA-seq测序--差异表达circRNA及功能富集分析--qPCR验证差异circRNA--circRNA-miRNA互作网络分析。图表:circRNA表达热图,差异火山图,富集分析柱形图及气泡图,互作网络图;差异circRNA列表。 摘要 肿瘤来源的胞外囊泡及其内容物参与恶性肿瘤的发展,circRNA在胞外囊泡中含量丰富,可以通过充当microRNA海绵或其它机制调节多种细胞过程。本篇研究探讨了胞外囊泡中circRNA对胰腺导管腺癌(PDAC)发展的潜在作用。从 PDAC患者(...
  • RNA-seq数据分析文献16-RNAseq+特征基因表达分析
    导读 思路:植物试验及RNA-seq测序--差异表达基因分析,GO功能富集分析--特定功能途径的基因集差异分析。图表:基因表达热图、柱形图、韦恩图;差异基因统计表,富集通路统计表等。 摘要 背景: 人参是广泛栽培的药材,热应激对人参的生长和可持续生产构成了威胁,目前对热应激分子反应的知识仍然有限。 方法: 本篇研分别对热处理1周和3周后的两种人参品种Chunpoong(CP)和Yunpoong(YP)进行了转录组测序(RNA-Seq),分析差异基因表达和基因本体论富集,以及叶绿素含量。 结果: CP比YP...
  • RNA-seq数据分析文献4 - RNAseq - qPCR
    导读 思路:实验处理--RNA-seq和差异基因分析--qPCR验证;图表:包括柱形统计图、热图、差异基因表及散点图、代谢通路富集统计图等。 摘要 猪流行性腹泻(PED)是由猪流行性腹泻病毒(PEDV)引起的一种急性感染性疾病,会对肠道造成损害,包括肠绒毛萎缩和脱落,而给全世界的养猪业造成严重的经济损失。为了获得有关PEDV感染宿主的发病机理和宿主免疫应答的详细信息,本篇研究使用 高通量测序 分析了PEDV感染后猪小肠粘膜的基因表达差异。获得的转录本超过65525000个cleanreads,重组后共检测...
  • RNA-seq数据分析文献9 -鼻咽癌-RNAseq + TCGA/GEO分析
    导读 思路:患者样本取样测序+公共数据收集--差异基因表达分析及功能富集分析--共表达网络及表达相关性分析--生存分析及生物标志物的鉴定。图表:基因表达热图,通路富集饼图,网络图,相关性散点图,生存曲线图。 摘要 放射疗法是鼻咽癌(NPC)的主要治疗方法,但是放射抵抗会限制NPC患者的治疗效果和预后,本篇研究意在确定涉及放射治疗反应的基因。从三对接受放疗前和放疗后的NPC患者中提取外周血单核细胞(PBMC),通过RNA-seq测序鉴定对放射疗法的PBMC转录谱。基因芯片GSE48501数据来自GEO,并将...