2019-11-12 10:46:34 热度:

RNAseq纯测序分析文章整理说明

近几年,RNAseq测序价格极大降低,许多老师大量的做RNAseq。RNAseq是对样品中的totalRNA提取并进行高通量测序,通过分析获得各类分子的表达量。通过对照组与处理组等比较得到差异表达的基因,并对差异基因进行如GO/KEGG富集,了解处理因素影响的生物学过程、通路等。

 

  RNAseq是RNA分子测序的总称,常见的有mRNA测序,miRNA测序,lncRNA测序,circRNA测序,也可以全部测序,称为全转录组测序。

 

    这几类测序都需要先获得样品的totalRNA,根据所需要分子的不同。可以对各类分子分别提取,比如用polyA法提取mRNA,进行测序,获得编码蛋白的基因表达谱;通过电泳获得10-50bp左右的smallRNA,并进行测序,获得miRNA表达谱。通过去除rRNA,富集长链的RNA的方法获得lncRNA,mRNA表达谱;通过去除线性RNA的方法获得circRNA的表达谱。

 

    通过RNAseq可以筛选出差异表达的分子,进而选取分子进行验证,构建调控机制。但可能整个实验的周期很长,比如1-2年时间,甚至更长。通过接触很多的客户,发现许多老师,在我们这里做了RNAseq实验,希望先对RNAseq的数据进行分析,整理,希望纯数据分析或者稍加验证就可以发表文章,虽然这类文章看过很多,但没有总结明确的规律,秉承解决客户一起问题的原则,我们接下来,对几十篇这类文章进行分析。以了解RNAseq纯分析类文章该如何构思,如何描述数据,放哪些图等。

 

我们继续看一下“中药研究RNA-seq分析文献2”这篇文章。

 

    牛蒡子苷元是一种抗癌药物,探讨EriB对血管生成的影响,以斑马鱼为动物模型,观察斑马鱼胚胎中肠下静脉的形成。分别用3种剂量的药物(5,10和15μM)处理斑马鱼胚胎72小时时,SIV的形成受到抑制。那么问题来了,抑制的机理时什么,胚胎内哪些基因发生了改变,哪些生物学功能,通路发生了改变?然后作者,将对照,10um药物组,15um药物组样品拿去做RNAseq。并进行生物信息学分析,获得差异基因及其涉及的生物学过程、通路等。

 

 RNAseq结果展示1(附件):对照组、药物浓度1组、药物浓度2组差异基因展示及GO/KEGG结果。

说明:A是所有的差异表达基因,1500个,可以看出,作者没有做生物学重复,由于基因过多,所以未显示基因名字。这是一个差异表达基因的常用展示方法,将所有差异基因做个热图。B,对差异基因做KEGG,找通路。C,GO分析中的生物学过程。D:细胞组分,E:分子功能,F:主要的蛋白结构域。这里展示的是-log10(p-value)。有些老师觉得是不是必须用padj,我觉得没必要。

 

 RNAseq结果展示2(正文):使用p<0.05筛选差异基因,发现有72个差异表达,1up-regulatedand51down-regulated(p<0.05)。

    结果说明:A图是选出来的72个基因的热图。一般来说,我门在正文里放热图时,多选择一部分与实验相关的基因,比如本文的抗血管生成的基因。我经常跟老师讲,RNAseq的热图一般是不能直接用的,公司给出的是所有差异基因的热图,或者top100这样的热图。而文中的热图要根据实验需要挑选基因放热图。所以写文章时需要找公司重新绘制热图。所以公司的服务质量非常重要。如果不知选哪个公司做RNAseq,找我们就好了。B图是挑选的部分大于2倍的基因做的qPCR。说明与RNAseq的结果一致。

 

RNAseq结果展示3(附件):差异基因列表

 

    作者将差异基因列表作为附件,如下:

 

RNAseq结果展示4(附件):差异基因富集的GO/Pathway

 

 

    接下来,作者对做了细胞的周期、增殖等检测,说明牛蒡子苷元对细胞的影响,同时找了靶标通路。

 

    这篇文章,我们可以看出,RNAseq是对细胞、对所有基因的整体描述,通过全基因表达谱,我们可以看出细胞基因发生了哪些变化,通路发生了哪些变化等。

 

  该文RNAseq展示的结果,是所有差异基因热图,差异基因列表,差异基因GO/KEGG富集图,富集通路表,重要基因热图。

上一篇:没有了

RNAseq纯测序分析文章整理说明

推荐阅读

RNA-seq数据分析文献33-外泌体RNAseq-6.162
导读 思路:样品收集和RNA测序--差异exRNA及功能富集分析--exRNA的变异及功能富集分析--ddPCR验证exRNA表达。图表:exRNA表达热图,PCA图等;表格包括参试者临床资料,差异exRNA列表,变异位点列表等。 摘要 本篇研究表征了多发性骨髓瘤(MM)患者血浆中细胞外RNA(exRNA)的转录组特征。通过分析10例健康对照(HC)、5例新诊断(NDMM)和12例复发(RRMM)MM患者的exRNA,发现约有45%的exRNA基因是蛋白质编码基因,约有85%的已鉴定基因被覆盖了70%。与...[详细]
2019-12-10
RNA-seq数据分析文献32-全血免疫RNAseq-5.182
导读 思路:样品收集和RNA测序--差异基因及表达模式分析--GO功能富集分析--细胞特异性判别分析。图表:PCA,差异火山图,相关图,基因表达热图,富集分析柱形图等;表格包括参试者临床资料,差异基因列表等。 摘要 创伤后应激障碍(PTSD)是一种由严重创伤引起的慢性疾病,与免疫功能异常有关。迄今为止与转录组相关研究中,均基于全血或未分选的外周血单核细胞(PBMC)。本篇研究利用RNA-seq分析39个911事件受影响者(20个有PTSD,19个没有PTSD)的四种免疫细胞亚群(CD4T、CD8T、B细胞...[详细]
2019-12-10
RNA-seq数据分析文献29 - 狗前列腺RNAseq-4.011
导读 思路:实验前处理--RNA-seq与差异基因分析--通路富集分析;图表:RNA-seq质控图、Venn图、PCA图、差异基因热图;实验对象信息表; 摘要 本文是一篇犬前列腺癌样品的RNA-seq数据分析文章,作者希望从RNA-seq数据中研究超声引导下细针穿刺活检的检测能力。 前言 背景部分介绍了犬前列腺癌的传统检测方法和本研究的目的。 结果 1 实验对象 本部分介绍了本实验的实验对象和检测结果。 2 RNA数量 在来自41只狗的42个US-FNA样本,来自31只狗的31个PM-FNA吸出物和来自4...[详细]
2019-12-10
RNA-seq数据分析文献31-结肠癌-可变剪切分析-5.515
导读 思路:样品收集和RNA测序,以及公共数据收集--可变剪接模式分析--可变剪接相关基因的功能富集、网络互作分析--可变剪接模式的生存分析--剪接因子的差异表达及其和可变剪接的关联分析。图表:统计图如柱形图、散点图、UpSet图等,差异火山图,功能富集气泡图,互作网络图,生存曲线、森林图等;表格包括患者临床资料,重要的可变剪接特征等。 摘要 左侧和右侧结肠癌(LC和RC)的分子特征和预后差异很大,治疗策略也不同。本篇研究系统分析了LC和RC中的可变剪接(AS)事件和剪接因子。RNA-seq数据用于AS的...[详细]
2019-12-10
RNA-seq数据分析文献30-RNAseq-猕猴miRNA分析
导读 思路:样品收集和RNA测序,以及公共数据收集--miRNA注释及表达模式分析--物种特异性miRNA识别--miRNA的突变和编辑位点的鉴定和特征描述--位点变动对功能的影响预测。图表:统计类如柱形图、饼图、散点图、韦恩图等,miRNA表达热图、PCA图等;miRNA注释表,位点注释表等。 摘要 MicroRNA(miRNA)是小的非编码RNA,在转录后调控中至关重要。猕猴是一种重要的灵长类动物,常用于科学研究,然而,猕猴中miRNA的注释尚少,且尚无miRNA编辑事件的报道。本篇研究从8个组织中生...[详细]
2019-12-10
RNA-seq数据分析文献27 -牛RNAseq- 4.011
导读 思路:实验前处理和验证--RNA-seq与差异基因分析--功能富集--蛋白互作分析;图表:实验流程图、差异基因火山图、Venn图、基因富集图、热图、互作分析图;实验验证表、差异基因表、基因功能富集表; 摘要 本文是一篇牛外周血样品的RNA-seq数据分析文章,作者希望从RNA-seq数据中研究外周血中鸟分枝杆菌感染基因表达量的差异,以寻找新的生物标志物。 前言 背景部分介绍了鸟分枝杆菌感染是影响产量的重要因素,作者希望从RNA-seq数据中寻找新的生物标记物,使感染前期就能区分。 结果 1 RNA ...[详细]
2019-11-29
RNA-seq数据分析文献26-表达谱芯片-3.147
导读 思路:芹菜素处理--RNA芯片与差异基因分析--GO和KEGG功能富集分析;图表:实验前处理图、差异基因火山图、KEGG通路分析图;差异基因表、GO基因功能富集表; 摘要 本文是一篇乳腺癌细胞系样品的RNA-seq数据分析文章,作者希望从RNA-seq数据中研究芹菜素对乳腺癌细胞基因表达量的差异。 前言 背景部分作者从乳腺癌、免疫系统功能和癌症的关系、芹菜素的生物学功能三方面对本文研究背景做了介绍。 方法 细胞 系 培养 、 ELISA检测 和 RT-PCR 本部分介绍了该研究的前处理流程。 WT2...[详细]
2019-11-28
RNA-seq数据分析文献25-RNAseq+蛋白组学-4.183
导读 思路:细胞系溶菌酶处理--RNA-seq与差异基因分析--功能富集--蛋白组学分析;图表:实验流程图、差异基因功能图、火山图、热图、基因富集图、互作分析图;差异基因表、基因功能富集表、蛋白质组学定量结果表; 摘要 本文是一篇单核细胞系样品的RNA-seq数据分析文章,作者希望从RNA-seq数据中研究溶菌酶对单核细胞基因表达量的差异。 摘要部分介绍了溶菌酶的功能和实验流程。 前言 背景部分作者介绍了溶菌酶的生物学功能和临床应用,指出其与免疫细胞互作的分子机制尚未发现。 结果 在用溶菌酶处理1小时结束...[详细]
2019-11-28
RNA-seq数据分析文献24-水稻RNAseq性状关联
导读 思路:植物试验和表型测定--RNA测序及差异表达基因分析--转录因子家族的基因富集分析、聚类以及和植物性状的关联分析。图表:植物照片;统计类如柱形图、折线图、散点图,相关图,基因表达热图等;植物表型性状统计表,差异基因统计表,富集分析基因表等。 摘要 水稻的产量受花序大小和结构的影响,驯化水稻品种的花序产生更多的分枝和谷粒,但尚未完全了解野生和驯化水稻品种之间花序分枝的分子调控或发育差异。本篇研究调查了91种野生和驯化的非洲和亚洲水稻品种的分枝、大小和籽粒产量相关的表型,与腋生分生组织有关的特征是野...[详细]
2019-11-22
RNA-seq数据分析文献23-基因敲除RNAseq-qPCR
导读 思路:基因敲除--RNA-seq与差异基因分析--差异基因功能富集;图表:差异基因火山图、热图、功能富集气泡图;qRCR引物表、RNA质控数据表、差异基因表、GO和KEGG通路富集表; 摘要 本文是一篇基因敲除小鼠的RNA-seq数据分析文章,作者希望从RNA-seq数据中研究ABCG1基因的功能及其下游基因和通路。摘要部分作者从目的、方法、结果、结论四个方面对该研究做了简述。 前言 背景部分作者介绍了关于胆固醇代谢与动脉粥样硬化,ABCG1的已研究的功能等相关内容。 方法 动物和饮食 、 PBMC...[详细]
2019-11-22
RNA-seq数据分析文献22-差异基因与临床数据相关性分析
导读 思路:实验处理--RNA-seq和差异基因分析--qPCR和免疫染色验证;图表:实验处理图、热图、实验验证图;差异基因表、差异基因相关性分析表,附加材料为RNA-seq定量结果表、GO富集结果表。 摘要 本文是一篇人牙周样品的RNA-seq数据分析文章,作者希望从RNA-seq数据中研究吸烟对牙周膜基因表达量的差异。摘要部分作者以背景、方法、结果、结论四个方面对该研究做了简述。 前言 背景部分介绍了吸烟对牙周膜的有害影响的研究背景,指出其通路机制尚未清楚。 方法 研究设计和研究人群 招募了牙周和全身...[详细]
2019-11-21
RNA-seq数据分析文献21-公共数据WGCNA分析-5.515
Comprehensivetranscriptomicanalysisindicatesbrainregionalspecificalterationsintype2diabetes 全面的转录组分析表明2型糖尿病的大脑区域特异性改变 期刊:Aging(AlbanyNY)影响因子:5.515发表单位:北京大学健康科学中心基础医学院 导读 思路:GTEx数据收集--差异表达基因分析,GO、KEGG功能富集分析--基因共表达分析,网络特征、T2D相关模块及中枢基因的识别。图表:统计类如柱形图、提琴图、散点图,...[详细]
2019-11-21
RNA-seq数据分析文献20-RNAseq纯分析-4.094
导读 思路:小鼠试验及RNA-seq测序--差异表达基因分析,GO、KEGG功能富集分析--qPCR验证--蛋白网络分析、加权基因共表达网络分析--可变剪接分析--miRNA动态模式分析。图表:统计类如韦恩图、柱形图、饼图、折线图、相关图,聚类树,互作网络图;基因列表,包含差异基因表达列表、网络关键基因列表、可变剪接基因列表等。 摘要 哺乳动物的性腺发育对于生育至关重要。性别分化、减数分裂和配子发生是性腺发育过程中的关键事件。由于这些发育事件的复杂性,潜在的分子机制尚未得到充分理解。本篇研究使用 RNA测...[详细]
2019-11-20
RNA-seq数据分析文献19-RNAseq纯分析-5.515
导读 思路:小鼠试验及RNA-seq测序--差异表达基因分析,GO、KEGG功能富集分析--蛋白互作网络分析--qPCR验证。 图表:基因表达热图、火山图,功能富集柱形图,蛋白网络图;差异基因统计表,功能富集统计表,互作蛋白统计表等。 摘要 本篇研究的目的是调查暴露于多种七氟醚的新生小鼠海马体全转录组反应。 七氟醚暴露可引起新生小鼠的认知和社交行为异常。 RNA-seq共鉴定出314个DEG ,主要富集于生物过程( 离子通道、大脑发育、学习和记忆)和信号传导途径 (催产素信号传导途径和谷氨酸能、胆碱能和G...[详细]
2019-11-20
RNA-seq数据分析文献18-RNAseq纯分析-3.634​
导读 思路:实验处理(压力+睡眠剥夺PSD)--RNA-seq和差异基因分析--GO富集分析和互作网络分析;图表:实验处理流程图、热图、Venn图、GO富集图、互作网络图;附加材料为RNA-seq定量结果表,GO富集结果表。 摘要 本部分主要为背景和结果的概述。 前言 背景部分主要介绍了垂体调节睡眠的相关背景。 方法 RNA提取和纯化 整个垂体样品(n=3-4/组)在室温下用装有22号规的1-mL无菌注射器在500LRiboZol(AMRESCORiboZolRNA提取试剂,VWR,Radnor,PA,美...[详细]
2019-11-20
RNA-seq数据分析文献17 - siRNA - RNA-seq
导读 思路:实验处理(干扰RNA)和实验验证--RNA-seq和差异基因分析--功能富集分析--验证下游基因; 图表:实验处理图、火山图、PCA图、通路富集图、Venn图、qPCR结果图、实验验证图;附加材料为差异基因表和实验验证图。 摘要 摘要部分作者根据之前的研究发现JAK1基因的重要作用,介绍本研究的主要内容。 前言 背景部分作者介绍了未折叠的蛋白质反应(UPR)的研究背景和JAK家族的功能。 方法 RNA测序和生物信息学 通过Qubit荧光计定量RNA。 通过BioanalyzerNano芯片评估...[详细]
2019-11-20
RNA-seq数据分析文献16-RNAseq+特征基因表达分析
导读 思路:植物试验及RNA-seq测序--差异表达基因分析,GO功能富集分析--特定功能途径的基因集差异分析。图表:基因表达热图、柱形图、韦恩图;差异基因统计表,富集通路统计表等。 摘要 背景: 人参是广泛栽培的药材,热应激对人参的生长和可持续生产构成了威胁,目前对热应激分子反应的知识仍然有限。 方法: 本篇研分别对热处理1周和3周后的两种人参品种Chunpoong(CP)和Yunpoong(YP)进行了转录组测序(RNA-Seq),分析差异基因表达和基因本体论富集,以及叶绿素含量。 结果: CP比YP...[详细]
2019-11-20
RNA-seq数据分析文献15-circRNAseq + qPCR
导读 思路:样本收集及RNA测序--差异表达circRNA鉴定--circRNA-miRNA互作关联分析--qRT-PCR验证--临床数据分析。图表:circRNA差异火山图、散点图,基因组圈图,circRNA表达热图、散点图,互作网络图;差异circRNA列表,临床相关性统计表等。 摘要 背景: 环状RNA(circRNA)是一类内源非编码RNA,在基因调控中具有重要作用。患有3级子宫内膜癌(EC)的患者预后普遍较差,且尚不清楚circRNA在3级EC中的具体作用。这项研究旨在调查circRNA在3级E...[详细]
2019-11-20
RNA-seq数据分析文献14 - GEO数据 - RNA-seq分析
导读 思路:基因敲除实验处理--RNA-seq和差异基因分析--基因富集分析--互作网络和转录因子分析;图表:基因富集柱状图和通路气泡图、互作网络图、转录因子motif图;差异基因表,附加材料为差异基因的热图、火山图、互作网络图、RNA-seq定量结果表。 摘要 本部分作者从目的、材料与方法、结果、结论四个方面简述了实验的过程。 前言 本部分作者阐述了晶状体的研究背景和本实验的研究方法。 方法 用于分析的RNA-Seq数据集准备 可从GEO数据库(http://www.ncbi.nlm.nih.gov/g...[详细]
2019-11-20
RNA-seq数据分析文献9 -鼻咽癌-RNAseq + TCGA/GEO分析
导读 思路:患者样本取样测序+公共数据收集--差异基因表达分析及功能富集分析--共表达网络及表达相关性分析--生存分析及生物标志物的鉴定。图表:基因表达热图,通路富集饼图,网络图,相关性散点图,生存曲线图。 摘要 放射疗法是鼻咽癌(NPC)的主要治疗方法,但是放射抵抗会限制NPC患者的治疗效果和预后,本篇研究意在确定涉及放射治疗反应的基因。从三对接受放疗前和放疗后的NPC患者中提取外周血单核细胞(PBMC),通过RNA-seq测序鉴定对放射疗法的PBMC转录谱。基因芯片GSE48501数据来自GEO,并将...[详细]
2019-11-18
RNA-seq数据分析文献8
导读 思路:公共数据收集--蛋白质-RNA互作模型分析及验证--motif分析。图表:常规柱形图、散点图、箱线图、热图、韦恩图等统计图;motif图等。 摘要 通过剪接、转运、翻译和降解,基因表达的转录后水平受到严格调控。RNA结合蛋白(RBP)在转录后基因调控中起关键作用,RBP-RNA相互作用的遗传变异影响基因产物和功能。本篇研究开发了一种计算方法,ASPRIN(等位基因特异性蛋白质-RNA相互作用),通过CLIP-seq和RNA-seq数据的联合分析,观测CLIP-seq中RBP等位基因偏好(与RN...[详细]
2019-11-18
RNA-seq数据分析文献7 - TCGA数据分析
导读 思路:公共数据收集--RNA-seq共表达分析--互作模型构建及验证--motif分析。图表:常规柱形图、散点图、箱线图、饼图等统计图;互作网络图、流程图解;基因富集分析列表等。 摘要 长非编码RNA(lncRNA)在基因表达调控中起着重要作用,lncRNA-基因相互作用与癌症发生和演变密切相关。该项研究开发了一种通过双聚类分析阐明lncRNA与基因相互作用的方法,可以跨多个数据集识别特定的表达模式,指示lncRNA和基因相互作用的网络。评估表明,该方法可以检测到一些新目标,将为lncRNA的未来研...[详细]
2019-11-18
RNA-seq数据分析文献13 - 无参RNAseq
导读 思路:动物实验及RNA-seq测序--转录本从头注释--差异表达基因分析,GO、KEGG功能富集分析--qRT-PCR验证。图表:基因差异表达火山图,功能富集分析柱形图;功能注释统计表,富集通路统计表等。 摘要 盐分是影响鱼类生命周期的重要环境因素,包括生长、发育和繁殖。黄盖鲽是重要的鱼类资源,是研究渗透压的良好模型,因为它可以适应多种盐度水平。该物种基因组资源的缺乏阻碍了对其耐盐性机制的研究。本篇研究通过RNA-Seq,鉴定了暴露于不同浓度盐分环境的黄盖鲽鳃组织中参与盐分适应和渗透调节有关的基因。...[详细]
2019-11-18
RNA-seq数据分析文献12 - RNAseq分析
导读 思路:动物实验及RNA-seq测序--差异表达基因分析--GO、KEGG功能富集分析--蛋白互作网络分析。图表:基因差异表达热图及韦恩图,功能富集分析柱形图及气泡图,蛋白互作网络图等。 摘要 RNA-seq是一种在转录水平上探索细胞和组织中分子事件的有效方法,目前缺少对肝癌发生和演变的全面转录组分析。本篇研究通过RNA-seq分析了二甲基亚硝胺和四氯化碳(DEN+CCl4)诱导的肝细胞癌(HCC)小鼠模型。诱导后,共计2033个基因上调,841个基因下调。差异表达基因的GO分析显示它们在酮酸代谢过程...[详细]
2019-11-18
RNA-seq数据分析文献11 - circRNAseq - qPCR
导读 思路:样品收集及RNA-seq测序--差异表达circRNA及功能富集分析--qPCR验证差异circRNA--circRNA-miRNA互作网络分析。图表:circRNA表达热图,差异火山图,富集分析柱形图及气泡图,互作网络图;差异circRNA列表。 摘要 肿瘤来源的胞外囊泡及其内容物参与恶性肿瘤的发展,circRNA在胞外囊泡中含量丰富,可以通过充当microRNA海绵或其它机制调节多种细胞过程。本篇研究探讨了胞外囊泡中circRNA对胰腺导管腺癌(PDAC)发展的潜在作用。从 PDAC患者(...[详细]
2019-11-18
RNA-seq数据分析文献10 - 小脑组织RNAseq
导读 思路:样品收集及RNA-seq测序--样本间异质性分析--差异基因表达分析及功能富集分析--蛋白互作网络分析。图表:PCA图,基因表达热图,相关性热图,网络图;差异基因列表,功能富集途径列表。 摘要 原发性震颤(ET)是最常见的神经系统疾病之一,其主要特征是8-12Hz动态震颤。由于对ET患者的基因组研究尚未确定主要的遗传因素,为了探索ET发病机理的潜在分子来源,该项研究对 33例ET患者 的冷冻小脑皮质组织以及 21例正常组织 进行转录组测序分析。主成分分析显示ET患者中表达数据的异质分布;差异表...[详细]
2019-11-18
RNA-seq数据分析文献3 - 猪 -RNAseq
导读 思路:实验处理--RNA-seq和差异基因分析--差异基因富集分析;图表:实验处理图、差异分析Venn图、差异基因功能富集图;实验处理表、差异基因功能富集表,附加材料为样本相关性图,qPCR引物表、RNA-seq数据统计表、GO和KEGG富集结果表。 摘要 本文是一篇动物样品的RNA-seq数据分析文章,作者希望从RNA-seq数据中研究两个猪品种对Mhp感染表现的差异。 前言 背景部分作者详细介绍了实验所用的动物样本和所研究的疾病背景。 方法 实验设计和样品收集 本部分主要阐述样品和前处理过程。 ...[详细]
2019-11-16
RNA-seq数据分析文献6 - TCGA数据分析
导读 思路:公共数据收集--RNA-seq和差异基因分析--互作网络分析及模型构建。 图表:常规柱形图、散点图、箱线图、森林图等统计图;相关图、互作网络图、基因表达热图、生存曲线图等。 摘要 背景: 尿道膀胱癌(BLCA)是世界范围内最常见的预后不良的恶性肿瘤之一。 这项研究旨在探索有效的预后生物标志物,并建立BLCA患者的预后风险评分模型。 方法: 基于从癌症基因组图谱数据库中检索到的RNA-Seq数据,通过加权基因共表达网络分析(WGCNA)确定与BLCA病理阶段相关的共表达模块。 通过Cox比例风险...[详细]
2019-11-16
RNA-seq数据分析文献4 - RNAseq - qPCR
导读 思路:实验处理--RNA-seq和差异基因分析--qPCR验证;图表:包括柱形统计图、热图、差异基因表及散点图、代谢通路富集统计图等。 摘要 猪流行性腹泻(PED)是由猪流行性腹泻病毒(PEDV)引起的一种急性感染性疾病,会对肠道造成损害,包括肠绒毛萎缩和脱落,而给全世界的养猪业造成严重的经济损失。为了获得有关PEDV感染宿主的发病机理和宿主免疫应答的详细信息,本篇研究使用 高通量测序 分析了PEDV感染后猪小肠粘膜的基因表达差异。获得的转录本超过65525000个cleanreads,重组后共检测...[详细]
2019-11-15
RNA-seq数据分析文献5 - RNAseq - qPCR/WB
导读 思路:实验处理--RNA-seq和差异基因分析--qPCR和免疫染色验证。图表:PCA图、差异表达统计图、富集分析柱状图、实验验证图;差异基因及代谢通路表等。 摘要 背景: 宫内生长受限(IUGR)是一种妊娠疾病,IUGR的后代在成年后患II型糖尿病的风险增加。动物模型显示肝很容易受到IUGR营养限制的影响。该项研究旨在检查IUGR母体营养限制(MNR)的小鼠模型中肝转录组变化,以了解胎儿适应性对成体代谢的影响。 方法: MNR处理怀孕小鼠后,获得雄性后代的肝脏样品,并通过RNAseq和Wester...[详细]
2019-11-15
RNA-seq数据分析文献1 - 中医 -RNAseq - 简单验证
RNAseq纯数据分析发文章,能否做了个RNAseq,或者蛋白组学,代谢组学,通过数据分析,或者简单的实验验证,即可发表一篇小文章呢。当然是可以的。 这类文章,大约分为三种: 1.只做RNAseq,比如mRNA、miRNA、lncRNA、circRNA、甚至全转录组测序,通过纯数据分析,发表文章; 2.做了RNAseq,同时结合公共资源数据的分析,比如来源于GEO/TCGA等的分析; 3.做了RNAseq,做了数据分析,同时做qPCR/WB/免疫组化等小实验,加以验证,发文章。 导读 本篇文章,做了RNA...[详细]
2019-11-13
RNA-seq数据分析文献2 - 基因敲除 -RNAseq
除去准备实验模型不算,本篇是一个RNAseq实验,写了一篇文章。思路:实验处理--RNA-seq和差异基因分析--差异基因富集分析;图表:研究背景和实验处理图、火山图、热图、GO富集结果、GO散点图;差异基因表,附加材料为实验处理图,RNA-seq定量结果表。 摘要 本篇文章中,作者主要通过将GRL敲除后斑马鱼的RNA-seq数据研究目的基因的通路和下游基因。 前言 本部分作者阐述了研究基因和动物材料相关的内容。 方法 动物材料和预处理 本部分作者详细介绍了研究所用的动物材料和CRISPR/Cas9敲除的...[详细]
2019-11-13
RNAseq纯测序分析文章整理说明
近几年,RNAseq测序价格极大降低,许多老师大量的做RNAseq。RNAseq是对样品中的totalRNA提取并进行高通量测序,通过分析获得各类分子的表达量。通过对照组与处理组等比较得到差异表达的基因,并对差异基因进行如GO/KEGG富集,了解处理因素影响的生物学过程、通路等。 RNAseq是RNA分子测序的总称,常见的有mRNA测序,miRNA测序,lncRNA测序,circRNA测序,也可以全部测序,称为全转录组测序。 这几类测序都需要先获得样品的totalRNA,根据所需要分子的不同。可以对各类分...[详细]
2019-11-12
  • RNA-seq数据分析文献27 -牛RNAseq- 4.011
    导读 思路:实验前处理和验证--RNA-seq与差异基因分析--功能富集--蛋白互作分析;图表:实验流程图、差异基因火山图、Venn图、基因富集图、热图、互作分析图;实验验证表、差异基因表、基因功能富集表; 摘要 本文是一篇牛外周血样品的RNA-seq数据分析文章,作者希望从RNA-seq数据中研究外周血中鸟分枝杆菌感染基因表达量的差异,以寻找新的生物标志物。 前言 背景部分介绍了鸟分枝杆菌感染是影响产量的重要因素,作者希望从RNA-seq数据中寻找新的生物标记物,使感染前期就能区分。 结果 1 RNA ...
  • RNA-seq数据分析文献33-外泌体RNAseq-6.162
    导读 思路:样品收集和RNA测序--差异exRNA及功能富集分析--exRNA的变异及功能富集分析--ddPCR验证exRNA表达。图表:exRNA表达热图,PCA图等;表格包括参试者临床资料,差异exRNA列表,变异位点列表等。 摘要 本篇研究表征了多发性骨髓瘤(MM)患者血浆中细胞外RNA(exRNA)的转录组特征。通过分析10例健康对照(HC)、5例新诊断(NDMM)和12例复发(RRMM)MM患者的exRNA,发现约有45%的exRNA基因是蛋白质编码基因,约有85%的已鉴定基因被覆盖了70%。与...
  • RNA-seq数据分析文献32-全血免疫RNAseq-5.182
    导读 思路:样品收集和RNA测序--差异基因及表达模式分析--GO功能富集分析--细胞特异性判别分析。图表:PCA,差异火山图,相关图,基因表达热图,富集分析柱形图等;表格包括参试者临床资料,差异基因列表等。 摘要 创伤后应激障碍(PTSD)是一种由严重创伤引起的慢性疾病,与免疫功能异常有关。迄今为止与转录组相关研究中,均基于全血或未分选的外周血单核细胞(PBMC)。本篇研究利用RNA-seq分析39个911事件受影响者(20个有PTSD,19个没有PTSD)的四种免疫细胞亚群(CD4T、CD8T、B细胞...
  • RNA-seq数据分析文献22-差异基因与临床数据相关性分析
    导读 思路:实验处理--RNA-seq和差异基因分析--qPCR和免疫染色验证;图表:实验处理图、热图、实验验证图;差异基因表、差异基因相关性分析表,附加材料为RNA-seq定量结果表、GO富集结果表。 摘要 本文是一篇人牙周样品的RNA-seq数据分析文章,作者希望从RNA-seq数据中研究吸烟对牙周膜基因表达量的差异。摘要部分作者以背景、方法、结果、结论四个方面对该研究做了简述。 前言 背景部分介绍了吸烟对牙周膜的有害影响的研究背景,指出其通路机制尚未清楚。 方法 研究设计和研究人群 招募了牙周和全身...
  • RNA-seq数据分析文献31-结肠癌-可变剪切分析-5.515
    导读 思路:样品收集和RNA测序,以及公共数据收集--可变剪接模式分析--可变剪接相关基因的功能富集、网络互作分析--可变剪接模式的生存分析--剪接因子的差异表达及其和可变剪接的关联分析。图表:统计图如柱形图、散点图、UpSet图等,差异火山图,功能富集气泡图,互作网络图,生存曲线、森林图等;表格包括患者临床资料,重要的可变剪接特征等。 摘要 左侧和右侧结肠癌(LC和RC)的分子特征和预后差异很大,治疗策略也不同。本篇研究系统分析了LC和RC中的可变剪接(AS)事件和剪接因子。RNA-seq数据用于AS的...
  • RNA-seq数据分析文献13 - 无参RNAseq
    导读 思路:动物实验及RNA-seq测序--转录本从头注释--差异表达基因分析,GO、KEGG功能富集分析--qRT-PCR验证。图表:基因差异表达火山图,功能富集分析柱形图;功能注释统计表,富集通路统计表等。 摘要 盐分是影响鱼类生命周期的重要环境因素,包括生长、发育和繁殖。黄盖鲽是重要的鱼类资源,是研究渗透压的良好模型,因为它可以适应多种盐度水平。该物种基因组资源的缺乏阻碍了对其耐盐性机制的研究。本篇研究通过RNA-Seq,鉴定了暴露于不同浓度盐分环境的黄盖鲽鳃组织中参与盐分适应和渗透调节有关的基因。...
  • RNA-seq数据分析文献30-RNAseq-猕猴miRNA分析
    导读 思路:样品收集和RNA测序,以及公共数据收集--miRNA注释及表达模式分析--物种特异性miRNA识别--miRNA的突变和编辑位点的鉴定和特征描述--位点变动对功能的影响预测。图表:统计类如柱形图、饼图、散点图、韦恩图等,miRNA表达热图、PCA图等;miRNA注释表,位点注释表等。 摘要 MicroRNA(miRNA)是小的非编码RNA,在转录后调控中至关重要。猕猴是一种重要的灵长类动物,常用于科学研究,然而,猕猴中miRNA的注释尚少,且尚无miRNA编辑事件的报道。本篇研究从8个组织中生...
  • RNA-seq数据分析文献20-RNAseq纯分析-4.094
    导读 思路:小鼠试验及RNA-seq测序--差异表达基因分析,GO、KEGG功能富集分析--qPCR验证--蛋白网络分析、加权基因共表达网络分析--可变剪接分析--miRNA动态模式分析。图表:统计类如韦恩图、柱形图、饼图、折线图、相关图,聚类树,互作网络图;基因列表,包含差异基因表达列表、网络关键基因列表、可变剪接基因列表等。 摘要 哺乳动物的性腺发育对于生育至关重要。性别分化、减数分裂和配子发生是性腺发育过程中的关键事件。由于这些发育事件的复杂性,潜在的分子机制尚未得到充分理解。本篇研究使用 RNA测...
  • RNA-seq数据分析文献18-RNAseq纯分析-3.634​
    导读 思路:实验处理(压力+睡眠剥夺PSD)--RNA-seq和差异基因分析--GO富集分析和互作网络分析;图表:实验处理流程图、热图、Venn图、GO富集图、互作网络图;附加材料为RNA-seq定量结果表,GO富集结果表。 摘要 本部分主要为背景和结果的概述。 前言 背景部分主要介绍了垂体调节睡眠的相关背景。 方法 RNA提取和纯化 整个垂体样品(n=3-4/组)在室温下用装有22号规的1-mL无菌注射器在500LRiboZol(AMRESCORiboZolRNA提取试剂,VWR,Radnor,PA,美...
  • RNA-seq数据分析文献24-水稻RNAseq性状关联
    导读 思路:植物试验和表型测定--RNA测序及差异表达基因分析--转录因子家族的基因富集分析、聚类以及和植物性状的关联分析。图表:植物照片;统计类如柱形图、折线图、散点图,相关图,基因表达热图等;植物表型性状统计表,差异基因统计表,富集分析基因表等。 摘要 水稻的产量受花序大小和结构的影响,驯化水稻品种的花序产生更多的分枝和谷粒,但尚未完全了解野生和驯化水稻品种之间花序分枝的分子调控或发育差异。本篇研究调查了91种野生和驯化的非洲和亚洲水稻品种的分枝、大小和籽粒产量相关的表型,与腋生分生组织有关的特征是野...