2019-11-29 00:13:57 热度:

RNA-seq数据分析文献27 -牛RNAseq- 4.011

导读

 思路:实验前处理和验证-->RNA-seq与差异基因分析-->功能富集-->蛋白互作分析;图表:实验流程图、差异基因火山图、Venn图、基因富集图、热图、互作分析图;实验验证表、差异基因表、基因功能富集表;

摘要

 本文是一篇牛外周血样品的RNA-seq数据分析文章,作者希望从RNA-seq数据中研究外周血中鸟分枝杆菌感染基因表达量的差异,以寻找新的生物标志物。

 

前言

 背景部分介绍了鸟分枝杆菌感染是影响产量的重要因素,作者希望从RNA-seq数据中寻找新的生物标记物,使感染前期就能区分。

结果

 

1   RNA-Seq数据摘要

作者首先介绍了实验对象的14头母牛,用实验方法验证其是否有感染。

表1为实验验证结果。
 

表1 本研究中所有动物的组织病理学分析,ZN染色,ELISA,PCR和细菌培养结果

负,负;正,正;ZN,Ziehl-Neelsen;OD,光密度;CFU,殖民地形成单位;ND,未确定。

使用ParaTBKuanti-VK试剂盒对使用LSIVetMaxTriplex实时PCR的PCR阳性结果的DNA样品进行定量。

qPCR结果表示为每克粪便或组织的MAPDNA拷贝×102。
 

从三类14只动物的PB和ICV中制备了RNA-Seq文库。

在肠道组织和对照中伴有局灶性或弥散性组织病理学病变。

从14头母牛中五头母牛(ID2、6、8、11、12)的PB和ICV样品中提取了重复的RNA提取物和相应的RNA-Seq库,以检查RNA-Seq技术的可重复性。

补充表I中提供了每个生物样品和实验重复样品的RNA-Seq数据摘要,包括每个分析阶段每个单个RNA-Seq文库的读数数。

对所有文库进行了测序,平均产生了约2,231万个原始读数每个图书馆的Phred质量得分均大于30,被认为是下一代测序质量的基准。

在根据质量得分,最小大小为60bp的最小读物和不明确的碱基N百分比小于5%的筛选结果进行筛选后,平均剩余2144万次阅读。

过滤后的RNA-Seq读数与Bostaurus参考基因组的比对得出每个文库的平均值为1,996万个读数。

从映射的读数中,平均有5%的读数映射到基因组中的多个位置,并排除在基因表达分析之外。

使用bedtools和featureCounts获得了对映射到独特位置的读段的更详细的分析,这两个软件包是为对基因组特征(如基因的上游和下游区域,外显子,内含子和基因间区域)进行读计数而开发的。

对来自PB样品的单个文库读数的分析表明,读数的57%与外显子对齐,28%与内含子对齐,3%与基因间区域对齐,2%与上游区域对齐,10%与下游区域对齐。

在ICV样品中,内含子占24%的读数,外显子占63%的读数,比对的2%的序列位于基因间区域,1%的上游区域和10%的下游区域。

(注:RNA-seq数据结果的概述)

 

 

2   RNA-Seq数据分析差异基因表达

尽管已要求RNA-Seq技术具有很高的技术重现性,但我们还是从某些动物的PB和ICV样品中进行了重复的RNA提取和相应的RNA-Seq文库制备(ID2、6、8、11、12)。

RNA制备,片段化或引物方法,连接效率,扩增以及文库构建和扩增技术步骤中的其他变量可能会引起本实验的变化。

按照材料和方法进行基因表达分析后,在每个样品和相应的复制品之间均未观察到明显差异,这支持使用RNA-Seq进行基因表达研究的可重复性(补充图1)。

(注:作者用重复性分析了RNA-seq样品的可靠性)

补充图1 火山图显示了每个样品和相应复制品的DE基因(log2倍变化对–log(p值)。

图中没有红色斑点表示每个样品和相应复制品之间都没有DE基因。

与局部对照相比,有局灶性或弥散性组织病理学病变的母牛之间的DE基因(FDR<0.05)以红色圆点表示。

与具有局灶性病变的动物组相比,ICV样品中DE基因的数量高于PB样品,并且在具有弥散性组织病理学病变的动物中增加。

这是可以预期的,因为弥散性病变代表了疾病的更晚期。

在PB样本中,有局灶性或弥散性病变的动物与对照牛的比较中,分别有109和207个基因是DE(图1b)。

数据分析显示,无论病变类型如何,PB样本中共有51个DE基因。

对ICV样品的转录组分析表明,与对照动物相比,在具有局灶性或弥散性病变的动物中,有3189和4724基因是DE。

在这两次比较之间,无论比较如何,在MAP感染的牛的ICV样本中,有2557个基因为DE。

无论受试样品,ICV或PB如何,在有局灶性病变的动物中共有19个DE基因是常见的。

类似地,在具有弥散性病变的动物的PB和ICV样品中,DE基因出现了89个。

(注:差异基因分析结果概述)

图1  RNA-seq分析

(a)火山图显示了每个比较的DE基因(log2倍数变化)对–log(p值)的关系。

红色斑点代表每次比较中的DE基因。

(b)维恩图显示基于RNA-Seq数据的组比较之间的转录变化。
 

3   与ptB相关的组织病理学病变的动物与对照牛之间的基因表达比较

当与对照动物相比时,在具有局灶性或弥散性病变的动物的PB样品中,总共109和207是DE。

在这些DE基因中,每次比较分别有21和48个上调(表2)。

表3显示了具有局灶性病变的动物的PB样品相对于对照样品按倍数变化排名的前五个上调基因和前五个下调基因

排名前5位的上调基因包括ATP结合盒A家族成员13(ABCA13),一种称为白细胞免疫球蛋白样受体A家族成员6(LOC618416)的I类MHC抗原的受体和三个仍未鉴定的蛋白。

与局灶性病变动物相比,局灶性病变动物的PB样本中下调的前5个基因是:CC基序趋化因子配体14(CCL14),胰岛素样生长因子2mRNA结合蛋白3(IGF2BP3),骨糖蛋白(OGN),糖原磷酸化酶肌肉相关(PYGM)和CD5抗原样前体(CD5L)。

许多排名靠前的DE基因具有免疫相关功能,例如LOC618416,CD5L和CCL14。

被下调的最后两个基因。

CD5L是一种巨噬细胞在淋巴组织和发炎组织中表达的一种分泌蛋白,它是脂质合成的关键调节剂。

CCL14是一种化学趋化因子,可吸引T细胞和单核细胞,但不吸引中性粒细胞,嗜酸性粒细胞或B细胞。

下调基因的倍数变化范围为-4.5至-1.1,平均倍数变化为-2.0。

对于上调的基因,表达的倍数变化在3.7至1.0之间,平均对数倍数为1.7。

表2 每次比较的差异表达(DE)基因和特定DE基因。
 

与对照组相比,RNA-Seq分析检测到了具有弥散性病变的母牛的PB样品中的207个DE基因。

207个DE基因中共有48个被上调(平均倍数变化为2.1,范围在3.8至1.3之间)和159个被下调(平均倍数变化为-2.3,范围在-1.1至-7.7之间)。

与对照动物相比,具有弥漫性病变的动物的PB样品中最上调的五个基因是:两个毛孔通道3(TPC3),肌酸激酶M型(CKM),结蛋白(DES),肌球蛋白轻链2(MYL2)和未鉴定的蛋白质(表3)。

在此比较中,前五个被下调的基因是:鞘磷脂3和4(CATHL3和CATHL4),CD177分子(CD177),C-C基序趋化因子配体14(CCL14)和与多药耐药相关的蛋白4-样。

CATHL3和CATHL4由于易感微生物的内膜呼吸链功能和能量依赖活性的损害而发挥了强大的抗菌活性。

CD177是中性粒细胞G蛋白连接的表面糖蛋白。

RNA-Seq分析显示,与对照组相比,患有局灶性或弥漫性病变的动物的ICV样品中的3189和4724基因失调(表2)。

患有局灶性病变的母牛ICV中排名前五位的上调基因是Intelectin2前体(ITLN2),胆囊收缩素(CCK),HomeoboxB13(HOXB13),脂肪酸结合蛋白6(FABP6)和热休克蛋白A家族成员6(HSPA6)。

上调的基因平均表达倍数变化为1.5,但在这种情况下,基因之间的表达水平差异较大,上调最多的基因倍数变化为10.6,上调最少的基因倍数变化为0.6。

CCK是一种肽激素,可诱导胆囊收缩和肠内胰酶的释放。

HOXB3是先前与炎症有关的转录因子。

FABP6与胃酸和胃蛋白酶原的分泌有关,对于回肠肠上皮细胞中共轭胆汁酸的根尖到基底外侧的有效转运也是必需的。

前五个被下调的基因是两个未表征的蛋白,具有胰蛋白酶样和胰凝乳蛋白酶样活性的Duodenase-1样,肿瘤抑制候选物5(TUSC5)和水通道蛋白8(AQP8)(表3)。

下调基因的平均倍数变化为-1.1,值在-6.7和-0.6之间。

表3 与对照样品相比,MAP感染奶牛样品中DE的前五个上调和下调基因

负倍数变化值报告基因表达下调。
 

在ICV样品中,在具有弥散性病变的动物与对照组之间的比较中,共鉴定出4724个DE基因。

从这4724个DE基因中,有1473个基因被上调,而3251个基因被下调(表2)。

基因表达水平在上调和下调基因之间相似,如log2倍变化所证明。

在具有弥散性病变的母牛和对照组之间,上调的基因平均显示增加了1.2倍(范围在6.8至0.5之间),而下调的基因在各组之间平均降低了-1.2倍(在-8.3至-0.5之间)。

排名前5位的上调基因包括Intelectin2前体(ITLN2),热休克蛋白家族A成员6(HSPA6),免疫球蛋白超家族成员23(IGSF23),载脂蛋白B(APOB)和氨基甲酰磷酸合酶1(CPS1)。

另一方面,前五个被下调的基因是溶菌酶C牛奶同工酶1(LYZ1),脂联素C1Q(ADIPOQ),溶菌酶C肠同工酶(LYSB),酰基辅酶A合成酶中链家族成员1(ACSM1)和水通道蛋白8(AQP8)。

在此比较中,一些下调的基因(如ITLN2,LYZ1,LYSB和ADIPOQ)在对病原体的防御反应中起重要作用。

诸如LYZ1和LYSB的溶菌酶主要具有溶菌功能。

ADIPOQ是一种脂联素,参与脂肪代谢的控制,通过负调节巨噬细胞中的TNF-α表达并抵消其作用,具有抗炎活性。

(注:进一步介绍差异基因交集的已知功能)

4   MAp感染动物的pB和ICV样品中常见的基因表达特征

DE基因分析显示,与病变严重程度无关,MAP感染动物的PB中有51个基因是DE(表2)。

类似地,来自受感染的母牛与对照组的ICV基因表达谱中有2557个基因为DE。

具有局灶性病变的母牛的PB和ICV基因表达谱共有19个DE基因,而具有弥散性病变的母牛的PB和ICV表达谱中共有89个DE基因。

在表4中,我们显示了MAP感染动物的PB和/或ICV基因表达谱中的前三个上调和下调基因。

氧化低密度脂蛋白受体(ORL1)和Tweety家族蛋白2(TTYH2)在MAP感染奶牛的PB样品中均被上调,无论其在肠组织中病变的严重程度如何。

与对照组相比,CCL14趋化因子是一种具有抗菌特性的上皮衍生趋化因子,是MAP感染母牛的PB基因表达谱中最下调的基因。

表4 与对照样品相比,具有局灶性和/或弥散性病变的受感染动物的PB和/或ICV样品中的前3个上调和下调基因

负倍数变化值报告基因表达下调。
 

在ICV样品中,ITLN2前体在具有局灶性和弥散性病变的母牛中显示出最高的转录增加。

log2倍数变化分别为10.6和6.8。

免疫组织化学为ITLN2的产生和在ICV中的定位提供了进一步的证据。

如图2所示,与对照样品相比,ITLN2表达在被MAP感染后增加。

用牛ITLN2抗体强烈标记感染动物沿ICV的杯状细胞和Paneth细胞。

FABP6是一种促胃激素,与回肠肠细胞中共轭胆汁酸的根尖向基底外侧的有效转运有关,无论组织病理学损伤的严重程度如何,受感染奶牛的ICV基因表达谱均被上调。

应激反应蛋白HSPA6在MAP感染奶牛的ICV中也高表达,与对照奶牛相比,在具有局灶性或弥散性病变的奶牛的基因表达谱中,log2倍数变化分别为4.2和5.8。

与对照组相比,患有局灶性或弥散性病变的母牛的ICV基因表达谱中观察到了AQP8基因的表达显着降低,该蛋白参与水/溶质肠道的动态平衡。

log2倍数变化分别为-3.2和-4.5。

在具有弥散性病变的动物的PB和ICV基因表达谱中,几个与传染病控制有关的基因,例如基本亮氨酸拉链ATF转录因子2(BATF2)和C-X-C基序趋化因子配体10(CXCL10)被上调。

BATF2属于激活蛋白1(AP-1)转录因子家族,并与IFN调节因子1相互作用以介导下游促炎性免疫应答。

CXCL10通过与CXCR3结合而对单核细胞和T淋巴细胞具有趋化性。

与对照组相比,患有弥漫性病变的母牛的PB和ICV基因表达谱中的C4b结合蛋白α样,上调蛋白(ERG)和CXCL8/IL8下调。

与PTB相关的组织病理学病变的动物的PB和ICV基因表达谱中有5个基因是DE,与病变的类型无关,包括CXCL8/IL8,载脂蛋白L结构域包含1(APOLD1),干扰素α诱导蛋白27(IFI27),KIAA1324(KIAA1324L)和带有RhoGAP结构域,锚蛋白重复序列和PH结构域2(ARAP2)的ArfGAP。

在所有比较中,CXCL8/IL8,APOLD1,KIAA1324L和ARAP2均下调。

据认为,ARAP2基因在主要组织相容性复合体II类基因表达的激活中起主要作用。

与对照组相比,患有局灶性(log2倍=1.6)和弥散性病变(log2倍=2.6)的母牛的PB样品中的IFI27下调,而ICV样品中的IFI27上调。

IFI27(ISG12)介导IFN诱导的细胞凋亡,其特征是线粒体中细胞色素C迅速而牢固地释放,胱天蛋白酶2、3、6、8和9的激活可能反过来影响IFN的抗病毒活性。

5   基因本体(Go)分析

使用BioconductorGOseq软件包对DE基因进行功能分类,以鉴定生物过程(BP),细胞成分(CC)和分子功能(MF)(表5)。

虽然在有局灶性病变的母牛的PB样品中我们没有发现任何明显富集的GO,但在具有弥散性病变的动物的PB样品中有11个GO显着富集。

在这11个GO中;5个是BP,4个是CC,2个是MF(图3a)。

鉴定出的五个BP与免疫反应有关,包括杀死其他生物的细胞(GO:0031640),防御反应(GO:0006952,GO:0050832),免疫反应(GO:0006955)和嗜中性白细胞趋化性的正调节(GO:0090023)。

在具有弥散性病变的母牛的PB样品中鉴定出富集的CC是细胞外空间和细胞膜。

表5 每次比较的富集基因本体(GO)和特定GO的数量。
 

我们在患有局灶性和弥漫性病变的母牛的ICV样本中分别发现了83和80个富集的GO。

在具有局灶性和弥漫性病变的动物的ICV样品中鉴定出的前11个GO均为CC。

患有局灶性和弥漫性病变的母牛ICV样品中富集的CC包括胞质溶胶和细胞质,这是CC失调最严重的部分。

在具有局灶性病变的母牛的ICV样品中富集的前五种BP是对DNA损伤刺激的细胞应答(GO:0006974),蛋白质转运(GO:0015031),免疫系统过程(GO:00023746),DNA修复(GO:0006281)和中性粒细胞化学出租车(GO:0030593)(图3b)。

具有弥散性病变的母牛在ICV中排名前五位的BP中有三位与先天免疫和炎症反应有关(图3c)。

有趣的是,防御反应(GO:0006952)和免疫反应(GO:0006955)都富含来自具有弥散性病变的母牛的PB和ICV基因表达谱(图4)。

我们的结果表明,在病变较严重的母牛中,趋化因子CXCL8/IL8和CXCL10的表达方向相反。

在PB和ICV样品中CXCL8/IL8被下调,而在MAP靶向样品中(具有弥散性病变),CXCL10被上调。

CXCL10和CXCL8/IL8的这种差异调节可能表明两种趋化因子在感染中的作用不同。

尽管CXCL8/IL8将中性粒细胞,嗜碱性粒细胞和T细胞吸引到感染部位,但CXCL10通过与CXCR3结合而具有单核细胞和T淋巴细胞的趋化性。

还观察到了具有抗菌活性的基因,如Cathelicidin6(CATHL6)和β-defensin(DEFβ4A)的表达变化。

免疫应答途径(GO:0006955)中包括的七个DE基因在PB和ICV基因表达谱中表达失调,这些母牛的弥散性病变包括CCL14,ENPP2,CD36,CXCL8/IL8,BOLA-DQβ,MHCI类重链和一种未表征的蛋白质(ENSBTAG00000040323)。

MHCI类重链被上调;与对照组相比,患有弥漫性病变的母牛的PB和ICV表达谱中的ENPP2,CD36,CXCL8/IL8和BOLA-DQβ被下调。

(注:差异基因的GO富集分析)

图3 与对照组相比,在两组感染的母牛中使用DE基因进行基因本体论(GO)分析

(a)与对照组相比,从肠道组织弥漫性病变的动物组收集的PB样品中富集了11种GO。

(b)与对照组相比,从有局灶性病变的动物收集的ICV样品中,11个重要的生物学过程过高。

(c)与对照组相比,具有弥散性病变的母牛组的ICV样品中富含11种最重要的生物学过程。
 

图4 与对照组相比,具有弥散性病变的母牛的PB和ICV的生物过程更加丰富

防御反应(GO:0006952)和免疫反应(GO:0006955)的生物学过程都丰富了具有弥散性病变的母牛的PB和ICV基因表达谱。

热图代表富集的GO:0006952和GO:0006955中包含的上调和下调基因的倍数变化(log2倍数)。

颜色和强度取决于表达水平。

红色表示基因下调,蓝色表示基因上调。
 

 

6   代谢分析

在每个比较中分析了与DE基因相关的富集代谢途径。

尽管KEGG数据库中没有提及的代谢途径丰富了PB样品,但是在具有局灶性和弥散性病变的母牛的ICV样品中,分别有78和82种代谢途径失调。

患有局灶性病变的母牛的ICV基因表达谱中失调的78种代谢途径中,只有3种显着富集,包括N-聚糖生物合成(bta00510,P=0.004),嘌呤代谢(bta00230,P=0.015)和一个碳通过叶酸途径合并(bta00670,P=0.021)。

使用弥散性病变的母牛与对照组的ICV中的DE基因进行的代谢分析表明,该比较中的DE基因影响了代谢过程,如缬氨酸,亮氨酸和异亮氨酸的降解(bta00280,P=0.008)和嘌呤代谢(bta00230,P=0.003)分别对应于10和34种酶。

因此,我们的代谢分析表明,bta00230是一种常见的代谢途径,与受感染的母牛相比,受感染母牛的ICV含量显着提高。

使用STRING数据库,胆汁分泌代谢途径(bta04976)在具有局灶性病变的奶牛的ICV中得到了显着富集(富集得分=244.99,FDR=0.001),该网络中涉及18种蛋白质。

在具有弥散性病变的奶牛的ICV中,维生素消化和吸收(富集得分=599.07,FDR=0.001)和胆固醇(富集得分=677.38,FDR=0.001)途径显着富集了六种和四种匹配的蛋白质每条路线。

7   蛋白质之间的相互作用分析

使用患有局灶性病变的动物的PB样本中的DE基因进行蛋白质间的相互作用分析,发现了HBEGF-CXCL8/IL8的功能关联(图5a)。

利用来自具有弥散性病变的母牛的PB样品中的DE基因,鉴定了11个功能性关联以及两个CXCL8/IL8和I型胶原,α2链(COL1A2)网络(图5b)。

COL1A2与分泌的蛋白质,酸性且富含半胱氨酸的蛋白质(SPARC),Syndecan4(SDC4)和整联蛋白亚基α9(ITGA9)连接。

当使用来自具有局灶性病变的母牛的ICV基因表达谱中的DE基因时,检索到13种功能相互作用和一个以CXCL8/IL8为中心的网络(图5c)。

当使用具弥散性病变的动物的ICV中的DE基因时,以0.7的置信度建立了90个功能性相互作用和一个集中的促丝裂原激活的MAP激酶8(MAPK8)网络(图5d)。

我们的蛋白质-蛋白质相互作用分析表明,MAPK8和CXCL8/IL8之间的相互作用可能是由AP1转录因子复合物的两个亮氨酸拉链蛋白成员FOS和FOSB介导的。

(注:差异基因的蛋白互作分析)

图5 与对照组相比,在具有PTB相关病变的母牛的转录组谱中使用DE基因(log2倍>2和<2)进行蛋白质网络分析

(a)使用患有局灶性病变的动物的PB样品中的DE基因,检测到两个HBEGF-IL8和TAC3-F2RL3功能相互作用。

(b)在具有弥散性病变的母牛的PB样本中,观察到两个以IL8和COL1A2为中心的网络。

(c)当使用具有局灶性病变的母牛的ICV转录组谱中的DE基因时,也获得了以IL8为中心的网络。

(d)当在STRING数据库中搜索具有弥散性病变的母牛的ICV转录组谱中的DE基因时,检索到一个以MAPK8为中心的网络。

各个节点代表具有由边缘表示的关系的蛋白质。

每次交互的置信度得分(>0.7)都映射到边缘厚度。

隐藏了与网络中其他蛋白质没有关联的蛋白质。
 

 

讨论

 

 

讨论部分作者介绍了本研究发现的差异基因、富集的GO和代谢通路等的已知功能,并说明本研究的意义。

方法

 实验材料、验证实验和RNA提取本部分介绍了实验材料和验证实验的流程。

RNA-Seq数据的RNA测序和生物信息学分析使用西班牙马德里科学园基因组处的IlluminaNextSeq500测序仪,以1×75格式对RNA-Seq文库进行单端测序。

使用Prinseq-lite52将原始读数的长度(最小大小为60bp长)和歧义碱基N的百分比小于5%过滤。

随后将修剪的读段通过TopHatmapper53定位到BosTaurus参考基因组(Bos_taurus.UMD3.1。

版本87)。

如果不是多命中读段,则将读段分配给基因。

将得到的比对文件提供给袖扣,以针对每种情况生成转录组装配。

然后使用Cuffmerge(包含在Cufflinks程序包中)将这些程序集合并在一起。

合并后的程序集为每种条件下计算基因和转录表达水平提供了统一的基础。

读段和合并的程序集送入Cuffdiff,后者计算表达水平并测试每个观察到的表达变化的统计学意义54。

获得每个基因的倍数变化(log2量表),P值和错误发现率(FDR)。

与对照组相比,FDR调整阈值<0.05的基因被认为是差异表达(DE)。

为了可视化和整合Cufflink分析产生的所有数据,使用CummeRbund进行聚类分析并处理Cuffdiff数据到R统计计算环境的转换。

RNA-Seq数据已保存在NCBI基因表达综合(GEO)数据库中,登录号为(GSE137395)。

使用RNA-Seq获得的De基因的基因本体论(Go)和代谢分析为了确定与MAP感染有关的GO和代谢途径,使用GOseqRBioconductor55-57对每个比较中具有显着DE的基因进行了评估。

为了开始分析,GOseq通过计算概率加权函数(PWF)来量化DE基因中存在的长度偏差,该概率加权函数给出了仅基于基因长度的基因成为DE的概率。

接下来,GOseq分析需要使用Wallenius非中心超几何分布来近似GO类成员资格的零分布,并计算DE基因组中GO类的表示。

使用Wallenius近似,生成每个GO中DE基因表示的P值,并选择P值阈值<0.05。

GO分析提供了涉及不同生物过程(BP),分子功能(MF)以及不同细胞区室(CC)不可或缺的那些基因的类别。

KEGG途径富集分析也使用STRINGv11.058进行。

蛋白质-蛋白质关联网络使用STRING数据库v10.559分析了log2倍变化>2或<2的DE基因。

STRING数据库旨在收集,评分和整合所有已知和预测的蛋白质-蛋白质关联数据。

STRING数据库中的基本相互作用单位是功能关联,即两种蛋白质之间的链接,两者共同为特定功能做出贡献。

网络节点代表蛋白质,边缘代表蛋白质与蛋白质的相互作用。

对于每种相互作用,将根据七个证据通道计算出一个综合得分和最终得分,这些证据通道包括基因组中的邻域,基因融合,基因组间的共现,共表达,实验/生化数据,馆藏数据库中的关联以及在PubMed中共同提及摘要。

网络中仅包含具有高置信度得分(>0.7)的功能交互。

 

RNA-SeqanalysisofileocecalvalveandperipheralbloodfromHolsteincattleinfectedwithMycobacteriumaviumsubspparatuberculosisrevealeddysregulationoftheCXCL8/IL8signalingpathway

感染鸟分枝杆菌亚种副结核病的荷斯坦牛回盲瓣和外周血的RNA-Seq分析显示CXCL8/IL8信号通路异常

 

期刊:SciRep影响因子:4.011

发表单位:巴斯克农业研究与发展研究所 

RNA-seq数据分析文献4.011牛RNAseq

推荐阅读

RNA-seq数据分析文献33-外泌体RNAseq-6.162
导读 思路:样品收集和RNA测序--差异exRNA及功能富集分析--exRNA的变异及功能富集分析--ddPCR验证exRNA表达。图表:exRNA表达热图,PCA图等;表格包括参试者临床资料,差异exRNA列表,变异位点列表等。 摘要 本篇研究表征了多发性骨髓瘤(MM)患者血浆中细胞外RNA(exRNA)的转录组特征。通过分析10例健康对照(HC)、5例新诊断(NDMM)和12例复发(RRMM)MM患者的exRNA,发现约有45%的exRNA基因是蛋白质编码基因,约有85%的已鉴定基因被覆盖了70%。与...[详细]
2019-12-10
RNA-seq数据分析文献32-全血免疫RNAseq-5.182
导读 思路:样品收集和RNA测序--差异基因及表达模式分析--GO功能富集分析--细胞特异性判别分析。图表:PCA,差异火山图,相关图,基因表达热图,富集分析柱形图等;表格包括参试者临床资料,差异基因列表等。 摘要 创伤后应激障碍(PTSD)是一种由严重创伤引起的慢性疾病,与免疫功能异常有关。迄今为止与转录组相关研究中,均基于全血或未分选的外周血单核细胞(PBMC)。本篇研究利用RNA-seq分析39个911事件受影响者(20个有PTSD,19个没有PTSD)的四种免疫细胞亚群(CD4T、CD8T、B细胞...[详细]
2019-12-10
RNA-seq数据分析文献29 - 狗前列腺RNAseq-4.011
导读 思路:实验前处理--RNA-seq与差异基因分析--通路富集分析;图表:RNA-seq质控图、Venn图、PCA图、差异基因热图;实验对象信息表; 摘要 本文是一篇犬前列腺癌样品的RNA-seq数据分析文章,作者希望从RNA-seq数据中研究超声引导下细针穿刺活检的检测能力。 前言 背景部分介绍了犬前列腺癌的传统检测方法和本研究的目的。 结果 1 实验对象 本部分介绍了本实验的实验对象和检测结果。 2 RNA数量 在来自41只狗的42个US-FNA样本,来自31只狗的31个PM-FNA吸出物和来自4...[详细]
2019-12-10
RNA-seq数据分析文献31-结肠癌-可变剪切分析-5.515
导读 思路:样品收集和RNA测序,以及公共数据收集--可变剪接模式分析--可变剪接相关基因的功能富集、网络互作分析--可变剪接模式的生存分析--剪接因子的差异表达及其和可变剪接的关联分析。图表:统计图如柱形图、散点图、UpSet图等,差异火山图,功能富集气泡图,互作网络图,生存曲线、森林图等;表格包括患者临床资料,重要的可变剪接特征等。 摘要 左侧和右侧结肠癌(LC和RC)的分子特征和预后差异很大,治疗策略也不同。本篇研究系统分析了LC和RC中的可变剪接(AS)事件和剪接因子。RNA-seq数据用于AS的...[详细]
2019-12-10
RNA-seq数据分析文献30-RNAseq-猕猴miRNA分析
导读 思路:样品收集和RNA测序,以及公共数据收集--miRNA注释及表达模式分析--物种特异性miRNA识别--miRNA的突变和编辑位点的鉴定和特征描述--位点变动对功能的影响预测。图表:统计类如柱形图、饼图、散点图、韦恩图等,miRNA表达热图、PCA图等;miRNA注释表,位点注释表等。 摘要 MicroRNA(miRNA)是小的非编码RNA,在转录后调控中至关重要。猕猴是一种重要的灵长类动物,常用于科学研究,然而,猕猴中miRNA的注释尚少,且尚无miRNA编辑事件的报道。本篇研究从8个组织中生...[详细]
2019-12-10
RNA-seq数据分析文献27 -牛RNAseq- 4.011
导读 思路:实验前处理和验证--RNA-seq与差异基因分析--功能富集--蛋白互作分析;图表:实验流程图、差异基因火山图、Venn图、基因富集图、热图、互作分析图;实验验证表、差异基因表、基因功能富集表; 摘要 本文是一篇牛外周血样品的RNA-seq数据分析文章,作者希望从RNA-seq数据中研究外周血中鸟分枝杆菌感染基因表达量的差异,以寻找新的生物标志物。 前言 背景部分介绍了鸟分枝杆菌感染是影响产量的重要因素,作者希望从RNA-seq数据中寻找新的生物标记物,使感染前期就能区分。 结果 1 RNA ...[详细]
2019-11-29
RNA-seq数据分析文献26-表达谱芯片-3.147
导读 思路:芹菜素处理--RNA芯片与差异基因分析--GO和KEGG功能富集分析;图表:实验前处理图、差异基因火山图、KEGG通路分析图;差异基因表、GO基因功能富集表; 摘要 本文是一篇乳腺癌细胞系样品的RNA-seq数据分析文章,作者希望从RNA-seq数据中研究芹菜素对乳腺癌细胞基因表达量的差异。 前言 背景部分作者从乳腺癌、免疫系统功能和癌症的关系、芹菜素的生物学功能三方面对本文研究背景做了介绍。 方法 细胞 系 培养 、 ELISA检测 和 RT-PCR 本部分介绍了该研究的前处理流程。 WT2...[详细]
2019-11-28
RNA-seq数据分析文献25-RNAseq+蛋白组学-4.183
导读 思路:细胞系溶菌酶处理--RNA-seq与差异基因分析--功能富集--蛋白组学分析;图表:实验流程图、差异基因功能图、火山图、热图、基因富集图、互作分析图;差异基因表、基因功能富集表、蛋白质组学定量结果表; 摘要 本文是一篇单核细胞系样品的RNA-seq数据分析文章,作者希望从RNA-seq数据中研究溶菌酶对单核细胞基因表达量的差异。 摘要部分介绍了溶菌酶的功能和实验流程。 前言 背景部分作者介绍了溶菌酶的生物学功能和临床应用,指出其与免疫细胞互作的分子机制尚未发现。 结果 在用溶菌酶处理1小时结束...[详细]
2019-11-28
RNA-seq数据分析文献24-水稻RNAseq性状关联
导读 思路:植物试验和表型测定--RNA测序及差异表达基因分析--转录因子家族的基因富集分析、聚类以及和植物性状的关联分析。图表:植物照片;统计类如柱形图、折线图、散点图,相关图,基因表达热图等;植物表型性状统计表,差异基因统计表,富集分析基因表等。 摘要 水稻的产量受花序大小和结构的影响,驯化水稻品种的花序产生更多的分枝和谷粒,但尚未完全了解野生和驯化水稻品种之间花序分枝的分子调控或发育差异。本篇研究调查了91种野生和驯化的非洲和亚洲水稻品种的分枝、大小和籽粒产量相关的表型,与腋生分生组织有关的特征是野...[详细]
2019-11-22
RNA-seq数据分析文献23-基因敲除RNAseq-qPCR
导读 思路:基因敲除--RNA-seq与差异基因分析--差异基因功能富集;图表:差异基因火山图、热图、功能富集气泡图;qRCR引物表、RNA质控数据表、差异基因表、GO和KEGG通路富集表; 摘要 本文是一篇基因敲除小鼠的RNA-seq数据分析文章,作者希望从RNA-seq数据中研究ABCG1基因的功能及其下游基因和通路。摘要部分作者从目的、方法、结果、结论四个方面对该研究做了简述。 前言 背景部分作者介绍了关于胆固醇代谢与动脉粥样硬化,ABCG1的已研究的功能等相关内容。 方法 动物和饮食 、 PBMC...[详细]
2019-11-22
RNA-seq数据分析文献22-差异基因与临床数据相关性分析
导读 思路:实验处理--RNA-seq和差异基因分析--qPCR和免疫染色验证;图表:实验处理图、热图、实验验证图;差异基因表、差异基因相关性分析表,附加材料为RNA-seq定量结果表、GO富集结果表。 摘要 本文是一篇人牙周样品的RNA-seq数据分析文章,作者希望从RNA-seq数据中研究吸烟对牙周膜基因表达量的差异。摘要部分作者以背景、方法、结果、结论四个方面对该研究做了简述。 前言 背景部分介绍了吸烟对牙周膜的有害影响的研究背景,指出其通路机制尚未清楚。 方法 研究设计和研究人群 招募了牙周和全身...[详细]
2019-11-21
RNA-seq数据分析文献21-公共数据WGCNA分析-5.515
Comprehensivetranscriptomicanalysisindicatesbrainregionalspecificalterationsintype2diabetes 全面的转录组分析表明2型糖尿病的大脑区域特异性改变 期刊:Aging(AlbanyNY)影响因子:5.515发表单位:北京大学健康科学中心基础医学院 导读 思路:GTEx数据收集--差异表达基因分析,GO、KEGG功能富集分析--基因共表达分析,网络特征、T2D相关模块及中枢基因的识别。图表:统计类如柱形图、提琴图、散点图,...[详细]
2019-11-21
RNA-seq数据分析文献20-RNAseq纯分析-4.094
导读 思路:小鼠试验及RNA-seq测序--差异表达基因分析,GO、KEGG功能富集分析--qPCR验证--蛋白网络分析、加权基因共表达网络分析--可变剪接分析--miRNA动态模式分析。图表:统计类如韦恩图、柱形图、饼图、折线图、相关图,聚类树,互作网络图;基因列表,包含差异基因表达列表、网络关键基因列表、可变剪接基因列表等。 摘要 哺乳动物的性腺发育对于生育至关重要。性别分化、减数分裂和配子发生是性腺发育过程中的关键事件。由于这些发育事件的复杂性,潜在的分子机制尚未得到充分理解。本篇研究使用 RNA测...[详细]
2019-11-20
RNA-seq数据分析文献19-RNAseq纯分析-5.515
导读 思路:小鼠试验及RNA-seq测序--差异表达基因分析,GO、KEGG功能富集分析--蛋白互作网络分析--qPCR验证。 图表:基因表达热图、火山图,功能富集柱形图,蛋白网络图;差异基因统计表,功能富集统计表,互作蛋白统计表等。 摘要 本篇研究的目的是调查暴露于多种七氟醚的新生小鼠海马体全转录组反应。 七氟醚暴露可引起新生小鼠的认知和社交行为异常。 RNA-seq共鉴定出314个DEG ,主要富集于生物过程( 离子通道、大脑发育、学习和记忆)和信号传导途径 (催产素信号传导途径和谷氨酸能、胆碱能和G...[详细]
2019-11-20
RNA-seq数据分析文献18-RNAseq纯分析-3.634​
导读 思路:实验处理(压力+睡眠剥夺PSD)--RNA-seq和差异基因分析--GO富集分析和互作网络分析;图表:实验处理流程图、热图、Venn图、GO富集图、互作网络图;附加材料为RNA-seq定量结果表,GO富集结果表。 摘要 本部分主要为背景和结果的概述。 前言 背景部分主要介绍了垂体调节睡眠的相关背景。 方法 RNA提取和纯化 整个垂体样品(n=3-4/组)在室温下用装有22号规的1-mL无菌注射器在500LRiboZol(AMRESCORiboZolRNA提取试剂,VWR,Radnor,PA,美...[详细]
2019-11-20
RNA-seq数据分析文献17 - siRNA - RNA-seq
导读 思路:实验处理(干扰RNA)和实验验证--RNA-seq和差异基因分析--功能富集分析--验证下游基因; 图表:实验处理图、火山图、PCA图、通路富集图、Venn图、qPCR结果图、实验验证图;附加材料为差异基因表和实验验证图。 摘要 摘要部分作者根据之前的研究发现JAK1基因的重要作用,介绍本研究的主要内容。 前言 背景部分作者介绍了未折叠的蛋白质反应(UPR)的研究背景和JAK家族的功能。 方法 RNA测序和生物信息学 通过Qubit荧光计定量RNA。 通过BioanalyzerNano芯片评估...[详细]
2019-11-20
RNA-seq数据分析文献16-RNAseq+特征基因表达分析
导读 思路:植物试验及RNA-seq测序--差异表达基因分析,GO功能富集分析--特定功能途径的基因集差异分析。图表:基因表达热图、柱形图、韦恩图;差异基因统计表,富集通路统计表等。 摘要 背景: 人参是广泛栽培的药材,热应激对人参的生长和可持续生产构成了威胁,目前对热应激分子反应的知识仍然有限。 方法: 本篇研分别对热处理1周和3周后的两种人参品种Chunpoong(CP)和Yunpoong(YP)进行了转录组测序(RNA-Seq),分析差异基因表达和基因本体论富集,以及叶绿素含量。 结果: CP比YP...[详细]
2019-11-20
RNA-seq数据分析文献15-circRNAseq + qPCR
导读 思路:样本收集及RNA测序--差异表达circRNA鉴定--circRNA-miRNA互作关联分析--qRT-PCR验证--临床数据分析。图表:circRNA差异火山图、散点图,基因组圈图,circRNA表达热图、散点图,互作网络图;差异circRNA列表,临床相关性统计表等。 摘要 背景: 环状RNA(circRNA)是一类内源非编码RNA,在基因调控中具有重要作用。患有3级子宫内膜癌(EC)的患者预后普遍较差,且尚不清楚circRNA在3级EC中的具体作用。这项研究旨在调查circRNA在3级E...[详细]
2019-11-20
RNA-seq数据分析文献14 - GEO数据 - RNA-seq分析
导读 思路:基因敲除实验处理--RNA-seq和差异基因分析--基因富集分析--互作网络和转录因子分析;图表:基因富集柱状图和通路气泡图、互作网络图、转录因子motif图;差异基因表,附加材料为差异基因的热图、火山图、互作网络图、RNA-seq定量结果表。 摘要 本部分作者从目的、材料与方法、结果、结论四个方面简述了实验的过程。 前言 本部分作者阐述了晶状体的研究背景和本实验的研究方法。 方法 用于分析的RNA-Seq数据集准备 可从GEO数据库(http://www.ncbi.nlm.nih.gov/g...[详细]
2019-11-20
RNA-seq数据分析文献9 -鼻咽癌-RNAseq + TCGA/GEO分析
导读 思路:患者样本取样测序+公共数据收集--差异基因表达分析及功能富集分析--共表达网络及表达相关性分析--生存分析及生物标志物的鉴定。图表:基因表达热图,通路富集饼图,网络图,相关性散点图,生存曲线图。 摘要 放射疗法是鼻咽癌(NPC)的主要治疗方法,但是放射抵抗会限制NPC患者的治疗效果和预后,本篇研究意在确定涉及放射治疗反应的基因。从三对接受放疗前和放疗后的NPC患者中提取外周血单核细胞(PBMC),通过RNA-seq测序鉴定对放射疗法的PBMC转录谱。基因芯片GSE48501数据来自GEO,并将...[详细]
2019-11-18
RNA-seq数据分析文献8
导读 思路:公共数据收集--蛋白质-RNA互作模型分析及验证--motif分析。图表:常规柱形图、散点图、箱线图、热图、韦恩图等统计图;motif图等。 摘要 通过剪接、转运、翻译和降解,基因表达的转录后水平受到严格调控。RNA结合蛋白(RBP)在转录后基因调控中起关键作用,RBP-RNA相互作用的遗传变异影响基因产物和功能。本篇研究开发了一种计算方法,ASPRIN(等位基因特异性蛋白质-RNA相互作用),通过CLIP-seq和RNA-seq数据的联合分析,观测CLIP-seq中RBP等位基因偏好(与RN...[详细]
2019-11-18
RNA-seq数据分析文献7 - TCGA数据分析
导读 思路:公共数据收集--RNA-seq共表达分析--互作模型构建及验证--motif分析。图表:常规柱形图、散点图、箱线图、饼图等统计图;互作网络图、流程图解;基因富集分析列表等。 摘要 长非编码RNA(lncRNA)在基因表达调控中起着重要作用,lncRNA-基因相互作用与癌症发生和演变密切相关。该项研究开发了一种通过双聚类分析阐明lncRNA与基因相互作用的方法,可以跨多个数据集识别特定的表达模式,指示lncRNA和基因相互作用的网络。评估表明,该方法可以检测到一些新目标,将为lncRNA的未来研...[详细]
2019-11-18
RNA-seq数据分析文献13 - 无参RNAseq
导读 思路:动物实验及RNA-seq测序--转录本从头注释--差异表达基因分析,GO、KEGG功能富集分析--qRT-PCR验证。图表:基因差异表达火山图,功能富集分析柱形图;功能注释统计表,富集通路统计表等。 摘要 盐分是影响鱼类生命周期的重要环境因素,包括生长、发育和繁殖。黄盖鲽是重要的鱼类资源,是研究渗透压的良好模型,因为它可以适应多种盐度水平。该物种基因组资源的缺乏阻碍了对其耐盐性机制的研究。本篇研究通过RNA-Seq,鉴定了暴露于不同浓度盐分环境的黄盖鲽鳃组织中参与盐分适应和渗透调节有关的基因。...[详细]
2019-11-18
RNA-seq数据分析文献12 - RNAseq分析
导读 思路:动物实验及RNA-seq测序--差异表达基因分析--GO、KEGG功能富集分析--蛋白互作网络分析。图表:基因差异表达热图及韦恩图,功能富集分析柱形图及气泡图,蛋白互作网络图等。 摘要 RNA-seq是一种在转录水平上探索细胞和组织中分子事件的有效方法,目前缺少对肝癌发生和演变的全面转录组分析。本篇研究通过RNA-seq分析了二甲基亚硝胺和四氯化碳(DEN+CCl4)诱导的肝细胞癌(HCC)小鼠模型。诱导后,共计2033个基因上调,841个基因下调。差异表达基因的GO分析显示它们在酮酸代谢过程...[详细]
2019-11-18
RNA-seq数据分析文献11 - circRNAseq - qPCR
导读 思路:样品收集及RNA-seq测序--差异表达circRNA及功能富集分析--qPCR验证差异circRNA--circRNA-miRNA互作网络分析。图表:circRNA表达热图,差异火山图,富集分析柱形图及气泡图,互作网络图;差异circRNA列表。 摘要 肿瘤来源的胞外囊泡及其内容物参与恶性肿瘤的发展,circRNA在胞外囊泡中含量丰富,可以通过充当microRNA海绵或其它机制调节多种细胞过程。本篇研究探讨了胞外囊泡中circRNA对胰腺导管腺癌(PDAC)发展的潜在作用。从 PDAC患者(...[详细]
2019-11-18
RNA-seq数据分析文献10 - 小脑组织RNAseq
导读 思路:样品收集及RNA-seq测序--样本间异质性分析--差异基因表达分析及功能富集分析--蛋白互作网络分析。图表:PCA图,基因表达热图,相关性热图,网络图;差异基因列表,功能富集途径列表。 摘要 原发性震颤(ET)是最常见的神经系统疾病之一,其主要特征是8-12Hz动态震颤。由于对ET患者的基因组研究尚未确定主要的遗传因素,为了探索ET发病机理的潜在分子来源,该项研究对 33例ET患者 的冷冻小脑皮质组织以及 21例正常组织 进行转录组测序分析。主成分分析显示ET患者中表达数据的异质分布;差异表...[详细]
2019-11-18
RNA-seq数据分析文献3 - 猪 -RNAseq
导读 思路:实验处理--RNA-seq和差异基因分析--差异基因富集分析;图表:实验处理图、差异分析Venn图、差异基因功能富集图;实验处理表、差异基因功能富集表,附加材料为样本相关性图,qPCR引物表、RNA-seq数据统计表、GO和KEGG富集结果表。 摘要 本文是一篇动物样品的RNA-seq数据分析文章,作者希望从RNA-seq数据中研究两个猪品种对Mhp感染表现的差异。 前言 背景部分作者详细介绍了实验所用的动物样本和所研究的疾病背景。 方法 实验设计和样品收集 本部分主要阐述样品和前处理过程。 ...[详细]
2019-11-16
RNA-seq数据分析文献6 - TCGA数据分析
导读 思路:公共数据收集--RNA-seq和差异基因分析--互作网络分析及模型构建。 图表:常规柱形图、散点图、箱线图、森林图等统计图;相关图、互作网络图、基因表达热图、生存曲线图等。 摘要 背景: 尿道膀胱癌(BLCA)是世界范围内最常见的预后不良的恶性肿瘤之一。 这项研究旨在探索有效的预后生物标志物,并建立BLCA患者的预后风险评分模型。 方法: 基于从癌症基因组图谱数据库中检索到的RNA-Seq数据,通过加权基因共表达网络分析(WGCNA)确定与BLCA病理阶段相关的共表达模块。 通过Cox比例风险...[详细]
2019-11-16
RNA-seq数据分析文献4 - RNAseq - qPCR
导读 思路:实验处理--RNA-seq和差异基因分析--qPCR验证;图表:包括柱形统计图、热图、差异基因表及散点图、代谢通路富集统计图等。 摘要 猪流行性腹泻(PED)是由猪流行性腹泻病毒(PEDV)引起的一种急性感染性疾病,会对肠道造成损害,包括肠绒毛萎缩和脱落,而给全世界的养猪业造成严重的经济损失。为了获得有关PEDV感染宿主的发病机理和宿主免疫应答的详细信息,本篇研究使用 高通量测序 分析了PEDV感染后猪小肠粘膜的基因表达差异。获得的转录本超过65525000个cleanreads,重组后共检测...[详细]
2019-11-15
RNA-seq数据分析文献5 - RNAseq - qPCR/WB
导读 思路:实验处理--RNA-seq和差异基因分析--qPCR和免疫染色验证。图表:PCA图、差异表达统计图、富集分析柱状图、实验验证图;差异基因及代谢通路表等。 摘要 背景: 宫内生长受限(IUGR)是一种妊娠疾病,IUGR的后代在成年后患II型糖尿病的风险增加。动物模型显示肝很容易受到IUGR营养限制的影响。该项研究旨在检查IUGR母体营养限制(MNR)的小鼠模型中肝转录组变化,以了解胎儿适应性对成体代谢的影响。 方法: MNR处理怀孕小鼠后,获得雄性后代的肝脏样品,并通过RNAseq和Wester...[详细]
2019-11-15
RNA-seq数据分析文献1 - 中医 -RNAseq - 简单验证
RNAseq纯数据分析发文章,能否做了个RNAseq,或者蛋白组学,代谢组学,通过数据分析,或者简单的实验验证,即可发表一篇小文章呢。当然是可以的。 这类文章,大约分为三种: 1.只做RNAseq,比如mRNA、miRNA、lncRNA、circRNA、甚至全转录组测序,通过纯数据分析,发表文章; 2.做了RNAseq,同时结合公共资源数据的分析,比如来源于GEO/TCGA等的分析; 3.做了RNAseq,做了数据分析,同时做qPCR/WB/免疫组化等小实验,加以验证,发文章。 导读 本篇文章,做了RNA...[详细]
2019-11-13
RNA-seq数据分析文献2 - 基因敲除 -RNAseq
除去准备实验模型不算,本篇是一个RNAseq实验,写了一篇文章。思路:实验处理--RNA-seq和差异基因分析--差异基因富集分析;图表:研究背景和实验处理图、火山图、热图、GO富集结果、GO散点图;差异基因表,附加材料为实验处理图,RNA-seq定量结果表。 摘要 本篇文章中,作者主要通过将GRL敲除后斑马鱼的RNA-seq数据研究目的基因的通路和下游基因。 前言 本部分作者阐述了研究基因和动物材料相关的内容。 方法 动物材料和预处理 本部分作者详细介绍了研究所用的动物材料和CRISPR/Cas9敲除的...[详细]
2019-11-13
RNAseq纯测序分析文章整理说明
近几年,RNAseq测序价格极大降低,许多老师大量的做RNAseq。RNAseq是对样品中的totalRNA提取并进行高通量测序,通过分析获得各类分子的表达量。通过对照组与处理组等比较得到差异表达的基因,并对差异基因进行如GO/KEGG富集,了解处理因素影响的生物学过程、通路等。 RNAseq是RNA分子测序的总称,常见的有mRNA测序,miRNA测序,lncRNA测序,circRNA测序,也可以全部测序,称为全转录组测序。 这几类测序都需要先获得样品的totalRNA,根据所需要分子的不同。可以对各类分...[详细]
2019-11-12
  • RNA-seq数据分析文献17 - siRNA - RNA-seq
    导读 思路:实验处理(干扰RNA)和实验验证--RNA-seq和差异基因分析--功能富集分析--验证下游基因; 图表:实验处理图、火山图、PCA图、通路富集图、Venn图、qPCR结果图、实验验证图;附加材料为差异基因表和实验验证图。 摘要 摘要部分作者根据之前的研究发现JAK1基因的重要作用,介绍本研究的主要内容。 前言 背景部分作者介绍了未折叠的蛋白质反应(UPR)的研究背景和JAK家族的功能。 方法 RNA测序和生物信息学 通过Qubit荧光计定量RNA。 通过BioanalyzerNano芯片评估...
  • RNA-seq数据分析文献22-差异基因与临床数据相关性分析
    导读 思路:实验处理--RNA-seq和差异基因分析--qPCR和免疫染色验证;图表:实验处理图、热图、实验验证图;差异基因表、差异基因相关性分析表,附加材料为RNA-seq定量结果表、GO富集结果表。 摘要 本文是一篇人牙周样品的RNA-seq数据分析文章,作者希望从RNA-seq数据中研究吸烟对牙周膜基因表达量的差异。摘要部分作者以背景、方法、结果、结论四个方面对该研究做了简述。 前言 背景部分介绍了吸烟对牙周膜的有害影响的研究背景,指出其通路机制尚未清楚。 方法 研究设计和研究人群 招募了牙周和全身...
  • RNA-seq数据分析文献29 - 狗前列腺RNAseq-4.011
    导读 思路:实验前处理--RNA-seq与差异基因分析--通路富集分析;图表:RNA-seq质控图、Venn图、PCA图、差异基因热图;实验对象信息表; 摘要 本文是一篇犬前列腺癌样品的RNA-seq数据分析文章,作者希望从RNA-seq数据中研究超声引导下细针穿刺活检的检测能力。 前言 背景部分介绍了犬前列腺癌的传统检测方法和本研究的目的。 结果 1 实验对象 本部分介绍了本实验的实验对象和检测结果。 2 RNA数量 在来自41只狗的42个US-FNA样本,来自31只狗的31个PM-FNA吸出物和来自4...
  • RNA-seq数据分析文献23-基因敲除RNAseq-qPCR
    导读 思路:基因敲除--RNA-seq与差异基因分析--差异基因功能富集;图表:差异基因火山图、热图、功能富集气泡图;qRCR引物表、RNA质控数据表、差异基因表、GO和KEGG通路富集表; 摘要 本文是一篇基因敲除小鼠的RNA-seq数据分析文章,作者希望从RNA-seq数据中研究ABCG1基因的功能及其下游基因和通路。摘要部分作者从目的、方法、结果、结论四个方面对该研究做了简述。 前言 背景部分作者介绍了关于胆固醇代谢与动脉粥样硬化,ABCG1的已研究的功能等相关内容。 方法 动物和饮食 、 PBMC...
  • RNA-seq数据分析文献2 - 基因敲除 -RNAseq
    除去准备实验模型不算,本篇是一个RNAseq实验,写了一篇文章。思路:实验处理--RNA-seq和差异基因分析--差异基因富集分析;图表:研究背景和实验处理图、火山图、热图、GO富集结果、GO散点图;差异基因表,附加材料为实验处理图,RNA-seq定量结果表。 摘要 本篇文章中,作者主要通过将GRL敲除后斑马鱼的RNA-seq数据研究目的基因的通路和下游基因。 前言 本部分作者阐述了研究基因和动物材料相关的内容。 方法 动物材料和预处理 本部分作者详细介绍了研究所用的动物材料和CRISPR/Cas9敲除的...
  • RNA-seq数据分析文献18-RNAseq纯分析-3.634​
    导读 思路:实验处理(压力+睡眠剥夺PSD)--RNA-seq和差异基因分析--GO富集分析和互作网络分析;图表:实验处理流程图、热图、Venn图、GO富集图、互作网络图;附加材料为RNA-seq定量结果表,GO富集结果表。 摘要 本部分主要为背景和结果的概述。 前言 背景部分主要介绍了垂体调节睡眠的相关背景。 方法 RNA提取和纯化 整个垂体样品(n=3-4/组)在室温下用装有22号规的1-mL无菌注射器在500LRiboZol(AMRESCORiboZolRNA提取试剂,VWR,Radnor,PA,美...
  • RNA-seq数据分析文献8
    导读 思路:公共数据收集--蛋白质-RNA互作模型分析及验证--motif分析。图表:常规柱形图、散点图、箱线图、热图、韦恩图等统计图;motif图等。 摘要 通过剪接、转运、翻译和降解,基因表达的转录后水平受到严格调控。RNA结合蛋白(RBP)在转录后基因调控中起关键作用,RBP-RNA相互作用的遗传变异影响基因产物和功能。本篇研究开发了一种计算方法,ASPRIN(等位基因特异性蛋白质-RNA相互作用),通过CLIP-seq和RNA-seq数据的联合分析,观测CLIP-seq中RBP等位基因偏好(与RN...
  • RNA-seq数据分析文献6 - TCGA数据分析
    导读 思路:公共数据收集--RNA-seq和差异基因分析--互作网络分析及模型构建。 图表:常规柱形图、散点图、箱线图、森林图等统计图;相关图、互作网络图、基因表达热图、生存曲线图等。 摘要 背景: 尿道膀胱癌(BLCA)是世界范围内最常见的预后不良的恶性肿瘤之一。 这项研究旨在探索有效的预后生物标志物,并建立BLCA患者的预后风险评分模型。 方法: 基于从癌症基因组图谱数据库中检索到的RNA-Seq数据,通过加权基因共表达网络分析(WGCNA)确定与BLCA病理阶段相关的共表达模块。 通过Cox比例风险...
  • RNA-seq数据分析文献21-公共数据WGCNA分析-5.515
    Comprehensivetranscriptomicanalysisindicatesbrainregionalspecificalterationsintype2diabetes 全面的转录组分析表明2型糖尿病的大脑区域特异性改变 期刊:Aging(AlbanyNY)影响因子:5.515发表单位:北京大学健康科学中心基础医学院 导读 思路:GTEx数据收集--差异表达基因分析,GO、KEGG功能富集分析--基因共表达分析,网络特征、T2D相关模块及中枢基因的识别。图表:统计类如柱形图、提琴图、散点图,...
  • RNA-seq数据分析文献25-RNAseq+蛋白组学-4.183
    导读 思路:细胞系溶菌酶处理--RNA-seq与差异基因分析--功能富集--蛋白组学分析;图表:实验流程图、差异基因功能图、火山图、热图、基因富集图、互作分析图;差异基因表、基因功能富集表、蛋白质组学定量结果表; 摘要 本文是一篇单核细胞系样品的RNA-seq数据分析文章,作者希望从RNA-seq数据中研究溶菌酶对单核细胞基因表达量的差异。 摘要部分介绍了溶菌酶的功能和实验流程。 前言 背景部分作者介绍了溶菌酶的生物学功能和临床应用,指出其与免疫细胞互作的分子机制尚未发现。 结果 在用溶菌酶处理1小时结束...